Đây là ứng dụng Linux có tên ParaSim có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng paraim-v0.05.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng này có tên là ParaSim với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
ParaSim
MÔ TẢ
Các đánh giá và so sánh đa dạng của cơ sở dữ liệu hợp chất lớn đòi hỏi tính toán các điểm tương đồng của hàng triệu hợp chất trong một thời gian hợp lý. ParaSim giải quyết thách thức này bằng cách thực hiện song song các phép tính theo số lõi máy tính có sẵn trên một máy. Nó được tối ưu hóa cho thông lượng của số lượng rất lớn cấu trúc truy vấn so với số lượng rất lớn cấu trúc tham chiếu. Như một tính năng đặc biệt, ParaSim cho phép lưu trữ và truy cập các tập dữ liệu được truy vấn thường xuyên dưới dạng các đối tượng liên tục trong bộ nhớ trong thời gian phản hồi ngắn.
ParaSim tính toán sự tương đồng hóa học dựa trên dấu vân tay cấu trúc nhị phân. Nó không tự tính toán dấu vân tay mà dựa vào phần mềm của bên thứ ba để thực hiện. Về cơ bản, tất cả các loại dấu vân tay cấu trúc có thể được lưu trữ trong một mảng các bit (một bit) đều có thể được sử dụng bởi ParaSim.
Xem Wiki (https://sourceforge.net/p/parasim/wiki/Documentation/) để có tài liệu chi tiết.
PHẢN HỒI ĐƯỢC CHẤP NHẬN CAO!
Tính năng
- Sử dụng nhiều lõi điện toán
- Có thể lưu trữ và truy cập dấu vân tay liên tục trong bộ nhớ
- Kết quả được báo cáo: ID phân tử truy vấn, ID phân tử tham chiếu, hệ số tương tự và dữ liệu bổ sung tùy chọn như chuỗi Smiles / InChi-Key / Chime, v.v.
- Cho phép số lần truy cập do người dùng xác định trên mỗi truy vấn và ngưỡng tương tự
- Cho phép các kích thước tập hợp bit dấu vân tay khác nhau
- Cung cấp thông tin chi tiết về tiến độ theo yêu cầu
- Không cần cài đặt
- Đọc dấu vân tay dưới dạng các bit được mã hóa Base64 từ tệp .txt hoặc .txt.gz
- Các ứng dụng demo cho RDKit, PipelinePilot (TM) và Knime bao gồm
- Các tập lệnh được bao gồm để tìm kiếm trực tiếp từ các tệp SDF hoặc Smiles
Khán giả
Nhà phát triển, Người dùng cuối / Máy tính để bàn, Người kiểm tra, Khoa học / Nghiên cứu
Giao diện người dùng
Dòng lệnh, Bảng điều khiển / Thiết bị đầu cuối
Ngôn ngữ lập trình
C, Perl, Python
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/parasim/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
