Đây là ứng dụng Linux có tên PhyloTrack có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống là PhyTB.v1.tar.gz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên PhyloTrack này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
PhyloTrack
MÔ TẢ
PhyloTrack là một công cụ phần mềm dựa trên JavaScript tích hợp thư viện D3.js để trực quan hóa dữ liệu với công cụ JBrowse để biểu diễn trình duyệt bộ gen. Nó yêu cầu một cây phát sinh loài có định dạng dữ liệu Newick phổ biến làm đầu vào, cũng như ba tệp dữ liệu meta cho các mẫu, các nút xác định nhánh và định nghĩa màu theo nhóm - tất cả đều ở định dạng được phân cách bằng tab. Chức năng trong PhyloTrack hiển thị các điểm đánh dấu thông tin tại mỗi nút trong cây phát sinh loài, do đó làm nổi bật tính đa hình xác định phân nhánh. Chức năng này đã được triển khai bằng cách sử dụng công cụ tabix ở phía máy chủ, cung cấp khả năng truy cập đơn giản và nhanh chóng vào thông tin tại mỗi nút cây, bao gồm cả SNP thông tin được lưu trữ trong các tệp tương tự VCF. Các biến thể thông tin này đã được thiết lập bằng cách so sánh tần số alen giữa các loại chủng bằng cách sử dụng so sánh nút tổ tiên và các biện pháp FST về sự khác biệt của quần thể.
Tính năng
- Biểu diễn phát sinh loài của các mẫu
- Trình duyệt bộ gen
- Bản đồ phân bố các allele và spoligotype
- Phân tích và định vị mẫu trong cây
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Ngôn ngữ lập trình
Python, Perl, PHP, JavaScript
Môi trường cơ sở dữ liệu
DBMS dựa trên tệp khác
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/phylotrack/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
