Đây là ứng dụng Linux có tên PRADA có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng PRADA.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên PRADA này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
Prada
Ad
MÔ TẢ
Việc giải trình tự cực kỳ song song cDNA được phiên mã ngược từ RNA (RNASeq) cung cấp một ước tính chính xác về số lượng và thành phần của mRNA. Để mô tả đặc điểm của bộ phiên mã thông qua phân tích dữ liệu RNA-seq, chúng tôi đã phát triển PRADA. PRADA tập trung vào việc xử lý và phân tích các ước tính biểu hiện gen, nhận dạng dung hợp gen có giám sát và không giám sát, cũng như nhận dạng xóa intragenic có giám sát.
PRADA hiện hỗ trợ 7 mô-đun để xử lý và xác định các bất thường từ dữ liệu RNAseq:
tiền xử lý: Tạo các tệp BAM được căn chỉnh và hiệu chỉnh lại.
biểu thức: Tạo biểu thức tạo (RPKM) và chỉ số chất lượng.
hợp nhất: Xác định dung hợp gen ứng viên.
đoán-ft: Tìm kiếm bảng điểm hợp nhất được giám sát.
đoán-nếu: Tìm kiếm có giám sát đối với sự hợp nhất mạnh mẽ.
homology: Tính toán sự tương đồng giữa hai gen đã cho.
frame: Dự đoán hệ quả chức năng của bảng điểm hợp nhất
Tính năng
- PRADA được viết bằng ngôn ngữ lập trình python và dự định chạy trong môi trường dòng lệnh trên hệ điều hành UNIX hoặc LINUX.
- Mô tả chi tiết các bước cài đặt và cách sử dụng từng mô-đun với các ví dụ có trong tài liệu tại https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- Các tệp tham chiếu hg19 có sẵn để tải xuống tại http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- Để loại bỏ các tạo tác dung hợp, chúng tôi lọc ra các gen có nhiều đối tác trong cùng một mẫu và tương đồng.
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/prada/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
