Đây là ứng dụng Linux có tên SOAP3-DP có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng soap3-dp-2.3.172-cuda4.2-linux-AmazonEC2.tar.gz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên SOAP3-DP này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
SOAP3-DP
MÔ TẢ
Mã mới nhất trên GitHub:
https://github.com/aquaskyline/SOAP3-dp
SOAP3-dp, thông qua việc tận dụng sức mạnh tính toán của cả CPU và GPU với các thuật toán được tối ưu hóa, mang lại tốc độ và độ nhạy cao đồng thời. So với các bộ ký hiệu được sử dụng rộng rãi bao gồm BWA, Bowtie2, SeqAlto, CUSHAW2, GEM và các bộ ký hiệu dựa trên GPU BarraCUDA và CUSHAW, SOAP3-dp nhanh hơn từ hai đến hàng chục lần, trong khi vẫn duy trì độ nhạy cao nhất và tỷ lệ phát hiện sai thấp nhất (FDR ) trên Illumina đọc với độ dài khác nhau. SOAP3-dp nguyên bản hỗ trợ định dạng tệp BAM và cung cấp sơ đồ tính điểm giống như BWA, cho phép nó được tích hợp vào các đường ống phân tích hiện có.
Trích dẫn: Luo R, Wong T, Zhu J, Liu CM, Zhu X, et al. (2013) SOAP3-dp: Căn chỉnh đọc ngắn dựa trên GPU nhanh, chính xác và nhạy. PLoS ONE 8 (5): e65632. doi: 10.1371 / journal.pone.0065632
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Giao diện người dùng
Bảng điều khiển / Thiết bị đầu cuối
Ngôn ngữ lập trình
C ++, C
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/soap3dp/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
