Đây là ứng dụng Linux có tên Subread để chạy trong Linux trực tuyến có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng subread-2.0.1-source.tar.gz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng này có tên Subread để chạy trong Linux trực tuyến với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
Subread để chạy trong Linux trực tuyến
Ad
MÔ TẢ
Gói phần mềm Subread là một bộ công cụ để xử lý dữ liệu giải trình tự thế hệ tiếp theo. Nó bao gồm Subread aligner, Subjunc exon-exon detector detector và chương trình tóm tắt đọc featureCounts.Công cụ ký hiệu đọc phụ có thể được sử dụng để căn chỉnh cả hai lần đọc gDNA-seq và RNA-seq. Subjunc aligner được chỉ định được thiết kế để phát hiện mối nối exon-exon. Đối với việc ánh xạ các lần đọc RNA-seq, Subread thực hiện căn chỉnh cục bộ và Subjunc thực hiện căn chỉnh toàn cục. Subread và Subjunc đã được xuất bản trên tờ báo sau: Yang Liao, Gordon K Smyth và Wei Shi. "The Subread aligner: đọc ánh xạ nhanh, chính xác và có thể mở rộng bằng cách seed-and-vote", Nucleic Acids Research, 2013, 41 (10): e108
Tính năng
- đọc aligner
- trình tự thế hệ tiếp theo
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Giao diện người dùng
Dòng lệnh
Ngôn ngữ lập trình
C
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/subread/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
