Đây là ứng dụng Linux có tên Swift Sequence Alignment Program để chạy trong Linux trực tuyến có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng swift-0.11.2.tgz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên Swift Sequence Alignment Program này để chạy trong Linux trực tuyến với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
Chương trình căn chỉnh trình tự Swift để chạy trong Linux trực tuyến
MÔ TẢ
Swift là một chương trình sắp xếp trình tự DNA tạo ra sự liên kết có ga bằng thuật toán Smith-Waterman. Nó lấy một tệp truy vấn (định dạng FASTA) và một tệp tham chiếu (định dạng FASTA) làm đầu vào. Nó xuất ra tên tham chiếu, tên đọc, căn chỉnh có khoảng cách, điểm căn chỉnh, vị trí bắt đầu và kết thúc căn chỉnh, và độ dài căn chỉnh.Tôi đã nói chuyện về Swift trong Hội nghị công nghệ GPU 2012. Có thể truy cập bài nói chuyện tại http://www.gputechconf.com/gtcnew/on-demand-GTC.php?sessionTopic=58&searchByKeyword=&submit=&select=+&sessionEvent=&sessionYear=&sessionFormat=#1303.
Để cài đặt và chạy Swift, vui lòng tham khảo trang Wiki: http://sourceforge.net/p/swiftseqaligner/wiki/Home/
Nếu bạn cần trợ giúp thêm về cài đặt hoặc chạy Swift, vui lòng liên hệ với Pankaj Gupta tại pankaj.gupta@stjude.org.
Tính năng
- Tạo căn chỉnh có khoảng cách bằng thuật toán Smith-Waterman
- Thuật toán Smith-Waterman chạy trên GPU (Bộ xử lý đồ họa)
- Chấp nhận tệp đã đọc (định dạng FASTA) và tệp tham chiếu (định dạng FASTA) làm đầu vào
- Kết quả đầu ra tên tham chiếu, tên đọc, căn chỉnh có khoảng cách, điểm căn chỉnh, vị trí bắt đầu và kết thúc căn chỉnh, và độ dài căn chỉnh
- Hỗ trợ đọc Illumina (độ dài cố định)
- Yêu cầu: Hệ điều hành Linux; Bộ nhớ hệ thống 4 GB; Cạc đồ họa có khả năng CUDA; Bộ công cụ CUDA 4.2+; Bộ nhớ toàn cầu 6 GB; Bộ nhớ dùng chung 49 KB
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/swiftseqaligner/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
