Đây là ứng dụng Linux có tên VarScan có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới tên VarScan.v2.3.9.jar. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng này có tên VarScan với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
VarScan
MÔ TẢ
Phát hiện các biến thể trong giải trình tự song song hàng loạt. Đối với một mẫu, gọi SNP, indels và kiểu gen đồng thuận. Đối với các cặp khối u-bình thường, phân loại thêm từng biến thể là Dòng mầm, Xôma hoặc LOH, đồng thời cũng phát hiện những thay đổi về số lượng bản sao soma. PHIÊN BẢN MỚI NHẤT ĐÃ CÓ TRÊN GITHUB
Tính năng
- Gọi SNP và Indels từ các tệp tích lũy SAMtools
- Các biến thể của bộ lọc theo phạm vi phủ sóng, độ sâu đọc, tần số biến thể và chất lượng cơ sở
- Xác định trạng thái soma (Xôma, Dòng mầm, LOH) cho các cặp Khối u-Bình thường
- So sánh, hợp nhất và giao nhau giữa hai danh sách các biến thể
- Giới hạn các lệnh gọi biến thể đối với một tập hợp các vị trí mục tiêu hoặc vùng mục tiêu
- Miễn phí cho mục đích sử dụng phi thương mại.
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Giao diện người dùng
Dòng lệnh
Ngôn ngữ lập trình
Java
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/varscan/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
