Đây là ứng dụng Linux có tên ViralFusionSeq [VFS] để chạy trong Linux trực tuyến có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng vfs-2016-08-17.r2.tar.gz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên ViralFusionSeq [VFS] này để chạy trong Linux trực tuyến với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
ViralFusionSeq [VFS] để chạy trong Linux trực tuyến
MÔ TẢ
VFS đã được thử nghiệm đầy đủ trong hệ thống Ubuntu / Debian.** Thông báo 1 **: VFS vượt trội hơn Virus-Clip. https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/files/VFS.vs.Virus-Clip.pdf/download
Tính đến năm 2016, VFS là công cụ tích hợp virus duy nhất có sẵn tại hệ thống NIH HPC.
https://hpc.nih.gov/apps/ViralFusionSeq/
ViralFusionSeq (VFS) là một công cụ giải trình tự thông lượng cao (HTS) linh hoạt để khám phá các sự kiện tích hợp virus và tái tạo lại các bản sao dung hợp ở độ phân giải đơn cơ sở.
VFS kết hợp thông tin cắt ghép mềm, phân tích cặp đọc và lắp ráp de novo được nhắm mục tiêu để khám phá và chú thích các sự kiện kết hợp giữa virus và người.
Một mô hình thống kê thực nghiệm đơn giản nhưng hiệu quả được sử dụng để đánh giá chất lượng của các điểm đứt hợp nhất.
Thông số tối thiểu do người dùng xác định là bắt buộc.
Mã nguồn với hướng dẫn sử dụng và hướng dẫn cài đặt của VFS có sẵn tại phần "Tệp" của sourceforge.
Trích dẫn: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
Tính năng
- Có thể áp dụng và thử nghiệm đầy đủ bằng cách sử dụng dữ liệu RNA-Seq và DNA-Seq
- Sử dụng cả thông tin về trình tự được cắt bớt (CS) và kết thúc được ghép nối (RP) để khám phá sự tích hợp lan truyền
- Xây dựng lại trình tự sao chép hợp nhất bằng cách sử dụng thông tin CS và RP
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Ngôn ngữ lập trình
Perl
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.