Đây là ứng dụng Windows có tên BBMap có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới tên BBMap_39.03.tar.gz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên BBMap với OnWorks này miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động bất kỳ trình giả lập trực tuyến OS OnWorks nào từ trang web này, nhưng trình giả lập trực tuyến Windows tốt hơn.
- 5. Từ Hệ điều hành Windows OnWorks bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng và cài đặt nó.
- 7. Tải xuống Wine từ kho phần mềm phân phối Linux của bạn. Sau khi cài đặt, bạn có thể nhấp đúp vào ứng dụng để chạy chúng với Wine. Bạn cũng có thể thử PlayOnLinux, một giao diện đẹp mắt trên Wine sẽ giúp bạn cài đặt các chương trình và trò chơi phổ biến của Windows.
Wine là một cách để chạy phần mềm Windows trên Linux, nhưng không cần Windows. Wine là một lớp tương thích Windows mã nguồn mở có thể chạy các chương trình Windows trực tiếp trên bất kỳ máy tính để bàn Linux nào. Về cơ bản, Wine đang cố gắng triển khai lại đủ Windows từ đầu để nó có thể chạy tất cả các ứng dụng Windows đó mà không thực sự cần đến Windows.
MÀN HÌNH
Ad
BBMap
MÔ TẢ
Gói này bao gồm BBMap, một ký hiệu đọc ngắn, cũng như nhiều công cụ định dạng sinh học khác. Nó được viết bằng Java thuần túy, có thể chạy trên bất kỳ nền tảng nào và không có phụ thuộc nào ngoài Java đang được cài đặt (được biên dịch cho Java 6 trở lên). Tất cả các công cụ đều hiệu quả và đa luồng.
BBMap: Bộ ký hiệu đọc ngắn cho dữ liệu DNA và RNA-seq. Có khả năng xử lý các bộ gen lớn tùy ý với hàng triệu giá thể. Xử lý Illumina, PacBio, 454, và các bài đọc khác; độ nhạy rất cao và có khả năng chịu lỗi và nhiều indels lớn. Rất nhanh.
BBNorm: Công cụ chuẩn hóa và sửa lỗi dựa trên Kmer.
Dedupe: Đơn giản hóa các tập hợp bằng cách loại bỏ các chuỗi con trùng lặp hoặc được chứa có chung danh tính phần trăm mục tiêu.
Định dạng lại: Các định dạng đọc giữa fasta / fastq / Scar / fasta + Qual / sam, xen kẽ / ghép nối và ASCII-33/64, với tốc độ hơn 500 MB / s.
BBDuk: Bộ lọc, trang trí hoặc mặt nạ đọc kết quả khớp kmer với tệp tạo tác / chất gây ô nhiễm.
...và hơn thế nữa!
Tính năng
- Java thuần túy, chạy trên mọi nền tảng; đã được biên dịch, chỉ cần giải nén và chạy.
- Nhanh chóng, hiệu quả và đa luồng.
- Thông tin sử dụng được hiển thị khi chạy shellcript không có tham số.
- Độ nhạy cao nhất của bất kỳ bộ ký hiệu đọc ngắn nào.
- Dễ dàng cài đặt - chỉ cần giải nén / gỡ bỏ.
- Dễ sử dụng. Ví dụ: bbmap.sh ref = ecoli.fa in = read.fq out = mapped.sam
- Xử lý tất cả các định dạng phổ biến: fasta, fastq, sam, Scar, fasta + Qual, ASCII-33, ASCII-64, gzip.
- Được sử dụng bởi Viện gen chung.
- BB là viết tắt của Bestus Bioinformaticus.
- Có một Câu hỏi thường gặp hữu ích ở đây: http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=58221
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Giao diện người dùng
Bảng điều khiển / Thiết bị đầu cuối
Ngôn ngữ lập trình
Java
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/bbmap/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
