Đây là ứng dụng Windows có tên FineSplice có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng FineSplice-0.2.2.tar.gz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks dành cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên FineSplice với OnWorks này miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động bất kỳ trình giả lập trực tuyến OS OnWorks nào từ trang web này, nhưng trình giả lập trực tuyến Windows tốt hơn.
- 5. Từ Hệ điều hành Windows OnWorks bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng và cài đặt nó.
- 7. Tải xuống Wine từ kho phần mềm phân phối Linux của bạn. Sau khi cài đặt, bạn có thể nhấp đúp vào ứng dụng để chạy chúng với Wine. Bạn cũng có thể thử PlayOnLinux, một giao diện đẹp mắt trên Wine sẽ giúp bạn cài đặt các chương trình và trò chơi phổ biến của Windows.
Wine là một cách để chạy phần mềm Windows trên Linux, nhưng không cần Windows. Wine là một lớp tương thích Windows mã nguồn mở có thể chạy các chương trình Windows trực tiếp trên bất kỳ máy tính để bàn Linux nào. Về cơ bản, Wine đang cố gắng triển khai lại đủ Windows từ đầu để nó có thể chạy tất cả các ứng dụng Windows đó mà không thực sự cần đến Windows.
MÀN HÌNH
Ad
FineSplice
MÔ TẢ
FineSplice là một trình bao bọc Python cho TopHat2 hướng tới việc xác định đáng tin cậy các điểm nối exon được thể hiện từ dữ liệu RNA-Seq, ở độ chính xác phát hiện được nâng cao với độ nhạy nhỏ bị mất đi.
Sau sự liên kết với TopHat2 bằng cách sử dụng các chú thích phiên âm đã biết, FineSplice lấy làm đầu vào cho tệp BAM kết quả và xuất ra một tập hợp chắc chắn các mối nối được thể hiện với số lần đọc tương ứng. Các kết quả dương tính giả tiềm ẩn phát sinh từ các liên kết giả được lọc ra thông qua chiến lược phát hiện bất thường bán giám sát dựa trên hồi quy logistic. Nhiều lần đọc ánh xạ với một vị trí duy nhất sau khi lọc được giải cứu và phân bổ lại đến vị trí ứng viên đáng tin cậy nhất.
FineSplice yêu cầu Python 2.x (> = 2.6) với các mô-đun sau được cài đặt: pysam (http://code.google.com/p/pysam/) và scikit-learning (http://scikit-learn.org/).
Để biết thêm chi tiết, hãy xem ấn phẩm của chúng tôi: Nucl. Axit Res. (2014) doi: 10.1093 / nar / gku166
Tính năng
- Căn chỉnh với TopHat2 bằng cách sử dụng chú thích bản ghi để có hiệu suất ánh xạ vượt trội
- Chạy FineSplice để loại bỏ các căn chỉnh có ga không đáng tin cậy và cải thiện độ chính xác phát hiện mối nối mối nối
- Đưa ra một tập hợp tin cậy của các điểm nối exon-exon với số lần đọc tương ứng cho các phân tích xuôi dòng
Ngôn ngữ lập trình
Python
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/finesplice/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
