Đây là ứng dụng Windows có tên Universal-mer có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng Universal-MerV1.0.0.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks dành cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng này có tên Universal-mer với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động bất kỳ trình giả lập trực tuyến OS OnWorks nào từ trang web này, nhưng trình giả lập trực tuyến Windows tốt hơn.
- 5. Từ Hệ điều hành Windows OnWorks bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng và cài đặt nó.
- 7. Tải xuống Wine từ kho phần mềm phân phối Linux của bạn. Sau khi cài đặt, bạn có thể nhấp đúp vào ứng dụng để chạy chúng với Wine. Bạn cũng có thể thử PlayOnLinux, một giao diện đẹp mắt trên Wine sẽ giúp bạn cài đặt các chương trình và trò chơi phổ biến của Windows.
Wine là một cách để chạy phần mềm Windows trên Linux, nhưng không cần Windows. Wine là một lớp tương thích Windows mã nguồn mở có thể chạy các chương trình Windows trực tiếp trên bất kỳ máy tính để bàn Linux nào. Về cơ bản, Wine đang cố gắng triển khai lại đủ Windows từ đầu để nó có thể chạy tất cả các ứng dụng Windows đó mà không thực sự cần đến Windows.
MÀN HÌNH
Ad
Universal-mer
MÔ TẢ
Universal-Mer là một công cụ đếm k-mer cho tất cả kích thước có thể có của k cùng một lúc. Hơn cả các công cụ đếm k-mer thông thường, chương trình có thể tóm tắt kết quả đếm chính xác của 1-mer đến l-mer cùng một lúc trong đó l = độ dài của chuỗi con lặp lại dài nhất trong chuỗi đầu vào mà hiện tại độ dài tối đa được đặt thành 100000- Mers. Chương trình có thể báo cáo chính xác số lượng tất cả các chuỗi lặp lại (freq>1) và duy nhất (freq = 1) cũng như số lượng tất cả các chuỗi con có thể có của chuỗi mà không cắt bỏ bất kỳ chuỗi tần số thấp nào.
Tệp đầu vào có thể ở dạng văn bản hoặc định dạng fasta. Bảng chữ cái đầu vào hiện chỉ có {A, C, G, T}. Các tệp văn bản đầu vào sẽ được coi là định dạng fasta không có dòng mô tả. Sau khi đếm và xây dựng cơ sở dữ liệu với tất cả độ dài k có thể có của k-mer đã hoàn thành, Người dùng có thể chọn trong menu bất kỳ kích thước nào của k để đếm biểu đồ, kết xuất k-mer, truy vấn chuỗi con và tóm tắt tất cả k có thể.
Tính năng
- Tóm tắt các 1-mer lặp đi lặp lại và duy nhất thành các l-mer trong đó l = độ dài lặp lại dài nhất
- Đếm biểu đồ của k-mer trong đó 1<=k<= độ dài của chuỗi đầu vào
- Đếm biểu đồ của k-mer chuẩn trong đó 1<=k<= độ dài của chuỗi đầu vào
- Kết xuất k-mer trong đó 1<=k<= độ dài của chuỗi đầu vào
- Kết xuất k-mer chuẩn trong đó 1<=k<= độ dài của chuỗi đầu vào
- Truy vấn k-mer bất kỳ kích thước nào của k trong đó k<=200000 trong chuỗi đầu vào.
- Tìm chuỗi con lặp lại dài nhất của chuỗi đầu vào.
Giao diện người dùng
Bảng điều khiển / Thiết bị đầu cuối, Dòng lệnh
Ngôn ngữ lập trình
C
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tải xuống từ https://sourceforge.net/projects/universal-mer/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong các Hệ điều hành miễn phí của chúng tôi.
