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Artemis - 交互式 EXAFS 数据分析

商品描述

阿蒂米斯 是一个使用理论标准分析 EXAFS 数据的程序 费夫.
阿蒂米斯 包括接口 原子 和 费夫 以及用于定义参数的表格和
将这些参数应用到路径 费夫 计算。 阿蒂米斯 使用 chi(k) 作为
它的输入。 它不处理任何数据处理杂务，例如将原始数据转换为
mu(E) 或进行背景去除。 阿蒂米斯姐姐的节目 雅典娜 是数据处理
程序。

概要

阿蒂米斯 是用 perl 编程语言编写的图形和交互式程序，
使用 Tk 显示引擎， 有效 EXAFS 库和 PGPLOT 绘图库。
（有关相关 URL 的列表，请参见下文。）

阿蒂米斯 帮助您组织配件项目的所有方面，包括运行 费夫
计算、设置傅里叶变换参数和数据拟合，
参数化路径 费夫 计算，运行拟合，并绘制
结果。 的 阿蒂米斯 窗口分为三个面板。 最大的面板是空间
大部分工作发生的地方。 它的内容是模型，取决于数据的状态
和路径列表。 此列表位于中心的瘦面板中。 另一个瘦面板
包含用于指定绘图方式的控件。

窗口顶部是菜单栏和项目栏。 项目栏显示
当前项目文件的名称。 它还包含一个指示器，告诉您
项目自上次保存以来已被修改。 点击修改后
指标将保存项目（就像 Cs 或文件中的“保存项目”项
菜单）。 屏幕下方是回声区，其中 阿蒂米斯 写了各种各样的
使用程序时的有用消息。

数据和路径列表包含一个树状列表，其中包含所有可以访问的对象
在您使用时进行操作 阿蒂米斯. 当程序启动时，会显示两个这样的项目。
当你跑步时 费夫 计算，导入 费夫 路径和其他数据集，以及运行拟合，更多
项目添加到此列表中。 这个列表中总共有五种条目，
每一个都控制着不同的方面 阿蒂米斯. 这五种列表条目
是：（1）拟合参数，（2）数据，（3）拟合，（4） 费夫 计算，或 (5) 费夫 路径。
当您单击数据和路径列表中的一个项目时，该项目将被“选中”并且
“锚定”。 所选项目以橙色突出显示。 锚定项目的轮廓为
一条虚线。 只能锚定一项。 可以选择 0、1 或更多项目。

锚定项决定了大面板的模式。 例如，当“猜，
Def, Set”项被锚定，主面板会显示一个页面用于设置
拟合参数。 当一个数据项被锚定时，主面板将显示一个页面
设置傅里叶变换参数、拟合范围和其他相关参数
与数据。 许多功能在 阿蒂米斯 取决于主面板的模式。 一些
功能仅在某些模式下可用。 每种模式都有自己的描述
文档部分。 请参阅“文件部分”。

情节在 阿蒂米斯 总是使用所选项目制作。 例如，要绘制数据，一个
适合和几个单独的路径，有必要选择这些项目中的每一个。 许多
中的其他功能 阿蒂米斯 还可以处理选定的项目集。

定位和设置路径通常在数据和路径列表中使用鼠标完成，
尽管还有其他几种使用鼠标更改锚点和选择的方法
或键盘。 以下是数据和路径列表中有用的鼠标事件列表：

左 老鼠 按键
单击鼠标左键将清除所有选择，然后选择并锚定
单击的项目。 主面板将显示对应于锚定项目的页面。

中心 老鼠 按键
单击鼠标中键将锚定单击的项目而不更改
选择。 主面板将显示对应于锚定项目的页面。

右 老鼠 按键
单击鼠标右键将锚定单击的项目而不更改
选择。 它还将张贴与单击的项目相适应的功能菜单。
这些菜单与窗口顶部菜单栏中的菜单相同。 这
主面板将显示适合锚定项目的页面。

CONTROL 键 + 左 老鼠 按键
在按住控制键的同时单击鼠标左键将添加项目
单击到所选项目组。 锚点没有改变。

转移 键 + 左 老鼠 按键
在按住 shift 键的同时单击鼠标左键将选择所有项目
在锚点和单击的项目之间，包括在内。 锚点没有改变。

左 老鼠 按键 + 老鼠 拖动
单击鼠标左键然后在按住按钮的同时拖动鼠标
将选择您将光标拖过的所有项目。 最初点击的项目将
被锚定，主面板将显示适合锚定项目的页面。

控制-k， 控制-j
在按住控制键的同时按下 k 或 j 键会将锚点移动到
列表中的上一个或下一个项目而不更改选择。 主面板将
显示适合锚定项目的页面。 这两个键序列，表现
当 Guess, Def, Set 项被锚定时，情况有所不同。 参见猜测、定义、设置页面
了解详细信息

控制-l
在按住 control 键的同时按下 l 键会将焦点放在数据和
路径列表。 这允许您使用箭头键浏览列表。

数据和路径列表中文本的颜色和字体指示每个
物品。 任何以黑色、直立文本书写的项目都是可以绘制的项目。 当一个
数据集或 费夫 路径被排除在适合之外，它将以棕色文本书写。 这
Guess、Def、Set 项和 费夫 计算项目以斜体字书写。 这
斜体文本表示无法绘制的项目。 虽然这些不可绘制的项目可以
被选中，它们将在绘图时被忽略。

阿尔忒弥斯： 这款 时间 页

ARTEMIS - 数据页

数据页显示在 阿蒂米斯的主面板，当数据项锚定在
数据和路径列表。 有关锚定和定位的说明，请参阅主要文档部分
选择数据和路径列表中的项目。

数据页分为五个部分。 顶部是一个包含标题的框
与这些数据相关的行。 这些是从输入数据文件中读取的，但可以
用户随时编辑。 当数据写入输出文件时，内容
这个盒子的内容被写成标题。 标题框下方是数据文件的名称
那是进口的。 下面是四个包含相关控件组的框。

时间 切换
此框包含三个切换，用于控制拟合的某些方面。 前两个
仅在多数据集拟合中相关。 当建立一个包含一个项目的项目时
多个数据集拟合，有时从拟合中排除整个数据集很有用
而不会从项目中删除它。 这可以通过第一个切换来完成。 当一个
数据集被排除在外，它和它下面的所有项目在数据和
路径列表以指示它们已从拟合中​​排除。

拟合完成后， 阿蒂米斯 想炫耀她的手艺，展示一个情节
数据和刚刚完成的拟合。 在多个数据集拟合的情况下，您可能
对绘制哪个数据集有偏好。 单击此开关打开您的
首选数据集。

第三个切换告诉 阿蒂米斯 对背景样条进行核心细化
执行拟合。 这个 corefinement 实际上是相同的操作
由...执行 雅典娜 从数据中删除背景。 “rmin”参数服务
目的相同 雅典娜的“rbkg”参数。 当拟合执行时
背景核心细化，使用样条拟合以下数据的傅立叶分量
“rmin”和 费夫 路径用于拟合“rmin”和
“最大”。 用于确定样条曲线的参数数量是
该部分数据中的独立点：“2*delta_k*delta_R/pi”，其中“delta_k”是
傅里叶变换和“delta_R”的范围是0和“rmin”之间的范围。 这
进行背景核心细化的优势，除了可能使
适合在低 R 下看起来更好，是背景参数和
可以测量拟合参数。

傅立叶 改造 和 配件 参数
此框包含用于设置前向傅立叶变换范围的控件和
合身的。 拟合范围也用作反向傅里叶变换范围
情节是q空间。 有关小方形按钮的讨论，请参阅“Pluck 按钮”
用蓝色 x 标记。

其他控件用于设置所使用的傅立叶变换窗口的功能形式
在 k 和 R 中。这些函数的门槛宽度是使用输入框设置的
标记为“dk”和“dr”。

k-权重 参数
此框中的控件用于设置要在拟合中使用的 k 权重值。
有用于打开 1、2 或 3 的 k 权重的开关。还有一个用于
指定 k 权重的任意值。

这些是拟合中使用的 k 权重值，而不是用于绘制数据的 k 权重。
k-weight 的这两个目的是独立处理的 阿蒂米斯. 见绘图
Artemis 用于讨论绘制 k 权重控制。

人们有时会对用于拟合的多个 k 权重的概念感到困惑。 这
为 k 权重选择低值或高值的目的是试图强调
数据的低或高 k 端。 因为数据的不同区域对
不同种类的参数，可以选择一个低或高的值来增加
某些参数的测量精度。 做多个 k 权重拟合是一种
妥协——一种在拟合中强调数据两端的方式。

拟合是通过最小化称为卡方的数量来确定的。 卡方评估
通过对数据和理论之间差异的平方求和。 由于 FT 是
复杂，有实部和虚部。 所以卡方正比于：

/ \
sum < Re[ data(R) - th(R) ]^2 + Im[ data(R) - th(R)]^2 >
R\/

在多 k 权重拟合中，总和中有更多项。 让我们取一个 kw=1&3
适合作为例子。 该求和是针对 kw=1 数据和理论进行的。 和 此
对 kw=3 的数据和理论进行求和。 总和相加，然后
全和用于评估卡方。

归根结底，优化的猜测参数只有一套
合身。 这些猜测参数与设置参数一起用于评估
def 参数和路径参数。 路径参数用于评估
每个路径的 exafs 方程。 路径的 exafs 方程相加得到
最佳拟合理论 chi(k)。 您有一个数据 chi(k) 和一个最佳拟合 chi(k)。 那些可以
然后按您喜欢的方式绘制 - 即使使用未用于确定的 k 权重
合身。

其他 参数
最后一个框包含几个不适合其他框的控件。 有一个
用于选择拟合空间的菜单。 您可以选择在 k、R 或 q 中的任何一个中拟合数据
空间。 默认是适合 R。

Epsilon 是用于评估卡方的不确定度。 通常可以让
阿蒂米斯 使用默认值（由数据的 RMS 值确定）
R 空间中的 15 和 25 埃）。 在某些情况下，您可能会发现明确地
为 epsilon 设置一个值。

合身后， 阿蒂米斯 写入一个记录拟合的日志文件。 其中的信息
该日志文件是所有拟合参数之间的相关性。 您可以设置
低于该水平 阿蒂米斯 将从该报告中排除相关性。

最后，有一个菜单用于选择用于相位校正图的路径。 这个
菜单包含每个路径的前五个路径 费夫 与数据集一起使用的计算。
当为相位校正图选择路径时，该路径的完整相移——
中心原子和散射原子部分 - 将从任何东西中减去
即在绘制之前进行傅立叶变换。 如果为阶段选择了路径
更正，然后绘制一个图，例如数据、拟合和几条路径，选定的
在绘制之前，将从每个项目中减去相移。 相位校正是
仅用于绘图。 拟合总是在非相位校正数据上进行。

采摘 按钮
此页面上的几个控件有一个小按钮，旁边有一个蓝色的 x。
这些称为 pluck 按钮，用于从绘图窗口中获取值。
当您单击这些按钮之一时，会在回显区域写入提示，询问您
单击图中的一个点。 当您这样做时，您单击的值将是
插入与弹拨按钮相邻的输入框。 阿蒂米斯 小心不让
您从 R 中的图中提取 k 值，反之亦然。

语境 菜单
当您将鼠标移到数据页上的标签上时，鼠标下的文本会发生变化
颜色。 这种颜色变化表明鼠标点击会做一些事情。 一个左
鼠标单击这些标签之一将导致对该参数的简要说明
显示在回波区。 这些描述中的许多还建议了合理的值
参数。

在其中一个标签上单击鼠标右键将发布一个有用的上下文菜单
功能。 其中一种功能是将该参数恢复为其默认值。 如果你有
适合多个数据集，其他菜单选项允许您约束参数
数据集之间。

盒子顶部的标签都对鼠标左键敏感。 标签
在傅里叶变换和拟合范围框和 k 权重框的顶部也对
鼠标右键单击。

阿尔忒弥斯： 猜测， 组， 高清 参数

ARTEMIS - 猜测、设置、定义参数

此页面用于定义拟合模型的参数。 在 阿蒂米斯 有六个
参数种类：

Guess
猜测参数是在拟合过程中优化到最佳的参数
将理论与数据拟合。

高清 Def 参数通常表示为数学表达式，其功能可能是
取决于其他参数。 这些数学表达式在整个过程中都会更新
适合的过程。 随着猜测参数更新，def 参数也更新。

选择 设置参数在拟合开始时评估，并且不会在整个过程中更新
合身。 这是 def 和 set 参数之间的主要区别。 设置参数
可以是数字或数学表达式。

克制
约束是数学表达式，与 def 参数一样，在整个过程中都会更新
合身的过程，但在合身中扮演着特殊的角色。 克制是
评估并正交添加到卡方参数的评估中。 一种
因此，约束可用于在拟合结果中加入偏差
获得关于物理系统的先验知识。 见 有效 查阅
对限制的完整讨论。

跳至
跳过参数在项目中维护，但在项目中不以任何身份使用
合身。 跳过参数的重点是维护而不是使用复杂的参数
用复杂的数学表达式。

后
after 类似于 def 参数，因为它可能是一个数学表达式相关
根据其他参数。 但是，after 不是拟合模型的一部分。
相反，它是一个参数，将在拟合完成后使用
最佳拟合值。 后面的参数列表将在日志文件中报告。
在拟合模型的任何地方使用 after 参数将导致 Artemis
报告模型中的错误。 Afters 可以依赖于其他 Afters，但你应该
注意后面出现在列表中的顺序。 后面的参数
将在拟合后仅评估一次，因此循环或无序依赖
不会得到解决。

Guess, Def, Set 页面分为两个部分。 顶部是一个列表框，其中包含
所有已定义参数的列表。 底部是编辑区，其中包含
用于建立参数的控件。

这款 参数 列表框
该区域包含一个项目中定义的所有参数的四列列表。 这
最左边的列计算参数。 第二列包含标识
参数的类型。 第三列包含参数名称。 最右边
列包含参数的数学表达式。

参数按颜色和第二列中的标签进行编码。 猜参数是
以紫色文字书写并带有“g:”标签。 def参数以绿色文字书写
并有“d：”标签。 设置参数以黑色文字书写并带有“s:”标签。
约束以粉红色文字书写，并带有“r:”标签。 跳过参数写在
灰色文本，没有标签。 在参数以蓝灰色文本写入并具有
“一个：”标签。

有大量的鼠标点击和按键序列在
列表框：

1. 单击鼠标左键选择一个参数并将其显示在编辑区域中。

2. 双击鼠标左键选择一个参数，在编辑中显示
区域，并提示您输入参数注释。 请参阅“参数注释”。

3. 鼠标右键选择一个参数，在编辑区显示它，然后发布一个
关于该参数的上下文菜单。 菜单中有几个项目。 “动”
子菜单用于重新定位列表中的当前参数。 “制作”子菜单
用于改变参数的类型。 “复制”项目将复制
锚定参数，在其名称末尾附加几个字符。 “建
约束”项在下面讨论。“注释”菜单项提示输入
参数注释。 “查找”菜单项将搜索所有参数和路径
参数数学表达式并向您展示如何在项目中使用该参数。
“Grab”菜单项仅对猜测参数启用，并将插入最合适的
拟合值作为该参数的值。 最后是“丢弃”菜单项
将在提示确认后从列表中删除该参数。

4. Control-d 将在编辑区定义参数。

5. Control-g 将从拟合中获取当前参数的最佳拟合值。

6. Control-e 将显示隐藏的编辑区域。

7. Control-k 和 control-j 将在列表中上下移动选择。 注意
这两个关键序列用于在数据和路径列表中上下移动锚点
当 Guess, Def, Set 页面未显示时。

8. Control-n 将清除选择并聚焦在参数名称输入框上，以便
您可以创建一个新参数。

9. Control-y 将提示您然后按任何 g、d、s、r、k 或 e 键来设置
参数的类型。 这是设置参数类型的唯一方法
涉及鼠标。

扩展 选择
可以使用 control-click, shift- 选择参数列表中的多个项目
单击，然后单击并拖动为数据和路径列表以及日志描述的序列
观众。 只有锚定的列表项（即由虚线和
显示在编辑区）可以编辑其名称和数学表达式。

扩展选择的优点是讨论的某些上下文菜单选项
上面的第 3 项可以同时对多个参数进行操作。 通过进行扩展选择然后
在选定区域的某处单击鼠标右键，上下文菜单将是
发布了选定参数组的选项。 目前，参数组
可以设置它们的类型并且可以以这种方式丢弃。

如果在所选区域外单击鼠标右键，将清除扩展选择并
单击的参数将被锚定和选择。

这款 编辑 区
编辑区共有三行控件。 顶行有两个输入框。 这
左边较小的一个用于输入参数名称。 上较大的
right 用于输入参数的数学表达式。

输入框下方是一组五个用于选择参数类型的单选按钮
正在编辑中。

编辑区底部有五个按钮，用于对正在执行的参数进行操作
编辑。 “撤消编辑”按钮清除输入框并放弃任何更改
刚做。 “新建”按钮用于定义一个全新的参数。 它清除条目
框，取消选择列表框中的参数，并将焦点放在用于输入
参数名称。 运行拟合后，“抓取”按钮变为启用状态。 它插入
猜测参数的最佳拟合值。 “放弃”按钮从参数中删除一个参数
列表。 弹出确认删除的对话框。 最后，“隐藏”按钮删除编辑
区域以允许更多参数在列表框中可见。 当编辑区
被隐藏，它被一个用于恢复编辑区域的按钮所取代。

以下是这些控件行为的详细信息：

1.在参数名称输入框中点击返回定义参数，插入或
在列表框中更新它，并将焦点放在数学表达式输入框上。 如果一个数学
表达式尚未定义，参数将定义为 0。

2. 在数学表达式输入框中点击 return 定义参数，插入或
在列表框中更新它，并将焦点留在数学表达式输入框上。

3. 单击任何单选按钮定义参数，插入或更新它
在列表框中，并保持焦点不变。

产品型号 注释
注释是与参数关联的短文本字符串。 这个字符串
每当在列表框中选择参数时，都会将其写入回显区域
猜测、定义、设置页面。 他注解的目的是写一点提示
参数在拟合模型中的作用。 如果猜测参数没有注释
运行拟合时，将自动生成其注释。 自动的
猜测参数的注释是其最佳拟合值 +/- 其误差条。 自动的
def、after 或约束参数的注释是其拟合后的评估值。

建筑物 限制
右键单击参数时显示的上下文菜单中的一项是
基于猜测或定义参数构建约束。 该工具提供了一个对话框
构造一种特定类型的约束——强制参数保持不变的类型
在其价值的范围内。 对话框提示输入最小值和最大值
对于称为“放大器”的术语。 构建的数学表达式是这样的：

抑制 param_res = 惩罚（参数，最小值，最大值）* amp

当“param”介于“min”和“max”之间时，惩罚函数的值为 0，以
当“param”小于“min”时为“abs(min-param)”，当“param”小于时为“abs(param-max)”
大于“最大值”。 这是正交添加到减少的卡方，因为拟合是
评估。

放大器项决定了惩罚的幅度。 “amp”的大值将
强制“param”的拟合值不要偏离其边界太远。 一个小的值
将使拟合更自由，让“参数”偏离您的初始猜测。

查看 有效 常见问题解答，问题 8.1 有关限制的更多讨论，包括讨论
设置不涉及“penalty()”函数的限制的其他方法。

警告：约束并不总是合适的。 例如，如果拟合是
为 sigma^2 返回负值，可能不适合应用刚性
克制作为强制 sigma^2 成为您期望的值的一种方式。 通常，一个
负 sigma^2 表示拟合模型中的其他一些问题，例如
过度结构无序，配位数被迫太小，
背向散射体的不正确原子种类，或一些类似的。 对 sigma^2 使用限制
在这种情况下不会解决问题。 恰恰相反，它可能会促进
通过“解决”sigma^2“问题”而没有实际实现虚假的成就感
解决拟合模型中的实际问题。

突出
GDS 菜单中有一个用于突出显示参数的选项。 这会提示您输入
文本字符串。 匹配该字符串的任何参数名称或数学表达式将是
标有绿色背景。 这对于大型参数列表特别有用。
文本字符串被解释为 perl 正则表达式，因此任何有效的 perl
可以使用元字符。 （这包括使用“(?{ code })”的正则表达式和
其他类似的结构，作者的实践 阿蒂米斯 不推荐，但可以
不能阻止。）

输入 和 出口 文本 档
对于大型、复杂的拟合模型，使用
文本编辑器，甚至编写一个程序来生成参数并将它们写入
文本文件。 在这种情况下，能够导入和导出文本很方便
参数列表的表示。 这些文件的格式很简单。 任何线喜欢
这些：

猜一个 5
设置 b 6
定义 c a+b

可以通过 GDS 菜单导入和导出 Guess、Def、Set 页面。 在一个
导入的文件，任何以“guess”、“def”、“set”、“restrain”、“after”开头的行，
或“跳过”将作为参数导入。 该行的第二个单词将被视为
参数名称和行上剩余的单词将连接起来形成
数学表达式。 导出行将遵循以下格式：

类型名称 = math_expression

导入时只执行很少的错误检查来验证参数是否正确
定义合理，因此请谨慎使用此功能。

阿尔忒弥斯： 原子， 这款 晶体学 面前 结束 至 费夫

ARTEMIS - 原子, 晶体前端 费夫

在我们看来， 原子 是从晶体数据生成“feff.inp”文件。 这
制作“feff.inp”文件的难点在于创建一长串原子坐标。
原子 因此使跑步的困难部分 费夫 很容易，至少对于结晶材料而言。

此页面可用于创建输入数据 原子 从头开始。 也会用到
显示从“atoms.inp”文件或 CIF 文件导入的晶体学数据。 到
导入“atoms.inp”文件或 CIF 文件，使用正常的文件导入对话框。

这款 标题 框
顶部是一个文本框，用于输入标识晶体数据的标题行。
这些行将被写入“feff.inp”文件和顶部 费夫
解释页。 这是引用参考文献或提供的好地方
关于晶体的其他重要信息。

水晶 参数
页面左侧是输入空间群、晶格常数、
和晶体的晶格角。 必须始终提供空间群。 原子 很
空间群符号的输入方式很灵活。 您可以使用 Hermann-Maguin 或
Scheonflies 符号或来自国际表的空间群索引。 这
解释符号的算法对空格和大写不敏感——
“P m -3 m”和“PM-3M”的解释相同。 有关如何使用的完整详细信息
符号被解释，见 原子 Bruce 网站上的文档。

晶格常数以埃为单位输入，角度以十进制数输入
以度为单位（而不是以弧分为单位——即 89 度半输入为 89.5 而不是
比 89'30"）。许多空间群具有对称性，使得一些晶格角和
常数相同。 在这些情况下，只需要填写必要的
值。 例如，立方空间群只需要“a”常数的值。
原子 将知道将其他晶格常数设置为相同并将角度设置为 90
度。 对于较低对称群，您必须提供所有必要的信息。

晶格常数下方是“Rmax”和位移矢量的输入框以及用于
选择吸收边 费夫 计算。 “Rmax”是径向范围
将写入“feff.inp”文件的集群。 一些空间群在
具有两个不同来源的国际表——即来源被放置在具有
两个不同的点对称。 站点的分数坐标是不​​同的
水晶的两种不同设置。 在这些情况下， 原子 要求您使用
两个选择之一。 如果您的输入数据使用了其他来源选择，
它应该是相当明显的。 在这种情况下，坐标数和到
协调壳通常会明显错误。 当您使用其中一个空间群时
存在两个起源选择， 阿蒂米斯 会发出警告。 如果您怀疑
使用了错误的原点选择，插入移位向量的值
在警告消息中报告。

有时，文献中报告的晶体使用的来源不是
国际表中使用的标准。 一个著名的例子是氧化锗。 这里
是 GeO2 的晶体数据：

标题 GeO2（六边形）
空间 p 32 2 1
a=4.98502 c=5.64800
rmax=6.0 核心=Ge
移位 0 0 0.66667
原子
锗 0.4513 0.0 0.0
0.3969 0.3021 0.0909

出于某种原因，该材料的晶体学参考使用的来源是
相对于国际表中使用的原点在 z 方向上移动 2/3。
为了得到 原子 为了正确计算这个结构，上面给出的移位向量必须是
用过的。

这款 原子 名单
页面右侧是独特的晶体学站点列表。 作为新站点
被创建，它们被插入到列表中。 网站不是直接编辑的，而是
使用屏幕底部的编辑区域，所有站点的列表是
显示在这里。 这与 Guess, Def, Set 页面的工作方式非常相似。

要编辑站点，请左键单击列表中的条目。 它是元素符号，坐标，
并且站点标记将显示在编辑区域中。 右键单击列表中的站点将
发布一个上下文菜单，其中包含可以在该站点上执行的多个功能。 你可以
使用“移动”菜单项重新排列列表。 可以复制站点并将副本添加到
列表使用“复制”菜单项。 “丢弃”菜单项完全删除该站点
从列表中。 该列表支持扩展选择。 When many sites are selected (ie
以黄色突出显示），“丢弃”菜单项将适用于所有选定的站点。

也可以使用键盘重新排序站点。 “Alt-k”和“Alt-j”可用于移动
在列表中向上或向下选择站点。

这款 编辑 区
页面底部是用于实际创建和编辑的小部件集合
独特的晶体学位点。 元素框用于插入两个字母的元素
网站的符号。 如果这不是有效符号，则不会创建该站点。 标签
可以是用于标识站点的任何 10 个字母的字符串。 标签用于区分
包含相同元素的网站。

“x”、“y”和“z”坐标的框可以用浮点数填充
或简单的分数。 也就是说，0.5 和“1/2”都是可以接受的。 这些坐标是
单位单元中的分数位置，不是笛卡尔坐标。

在水晶中创建所有站点后，单击“运行原子”按钮。 这会
处理晶体数据，创建“feff.inp”文件，显示“feff.inp”
页面。

原子 模板 档
确定按下“Run Atoms”按钮时生成的“feff.inp”数据
通过特殊模板文件的内容。 阿蒂米斯 分布于多个
用于不同目的的模板文件。 “feff.inp”数据的结构由
“atoms->template”首选项的值。 默认值是“feff”，它告诉
阿蒂米斯 使用适合运行的模板文件 菲夫6.

如果你想运行其他版本的 费夫，你应该设置“atoms->template”
偏好变量为适当的值。 模板提供 阿蒂米斯
写作 菲夫7 和 菲夫8 输入文件。 菲夫8 可以写入适合的输入文件
用于 XANES 或非自洽 EXAFS 计算。

有时，修改模板文件以写出专门的“feff.inp”很有用
数据。 如果将这些修改后的模板文件放在“〜/.horae/atp/" (unix) 或 "C:Program
Files\Ifeffit\horae\atp" (windows), 阿蒂米斯 将能够找到他们。

Final 注意
一个完整的解释如何 原子 算法工作超出了本文档的范围
页面。

阿尔忒弥斯： 这款 费夫 输入 文件

ARTEMIS - 该 费夫 输入文件

此页面显示 费夫 输入数据，其中包括一些控制参数和一个长
原子坐标列表。 此页面并不比文本框复杂
用作原始编辑器和底部用于运行的按钮 费夫。 讲解 费夫
超出了本文档的范围。

什么时候 费 完成后，您将看到一个对话框，询问要导入多少条路径。
选项为无、第一条路径、前 10 条路径和所有路径。 中的数
第三个选项可在首选项对话框中配置。 如果您需要重新运行
费夫 在开始一个项目后，“无”通常是正确的答案。 其他选项可能
导致一个或多个路径在项目中被定义两次——一种令人困惑的情况。

If 费夫 无法运行完成， 阿蒂米斯 将尝试识别问题并发布
如何解决问题的建议。 如果 阿蒂米斯 无法识别您的问题，
向布鲁斯解释，这样他就可以将这个问题添加到 阿蒂米斯的故障排除数据库
的解决方案。

阿尔忒弥斯： 解释 of 此 费夫 计算

ARTEMIS - 解释 费夫 计算

此页面简要概述了 费夫 计算。 页面顶部是
一些计算统计数据的总结。 下面是一张图表，显示了
计算中每条路径的详细信息。 对于每条路径，退化，半路径
显示了长度和幅度因子。 最后一列显示了标记化的摘要
散射路径——这使您可以一目了然地看到哪些原子参与了
路径。

此页面上可用的信息和上下文菜单允许您组织、理解、
并在此操作路径 费夫 计算。 几乎所有涉及的功能
路径 除 为路径参数编写数学表达式可用于此
页面。

这款 解释 图表
图表中使用的颜色和字体传达信息：

胆大， 黑色 字体
这些是已导入项目并包含在拟合中的路径。

胆大， 棕色 字体
这些是已导入项目但在拟合中排除的路径。

正常， 黑色 文本
这些是尚未导入项目但可用的路径
要进口。

正常， 灰色 文本
这些是不可用于导入到项目中的路径。 这些可以
通过重新运行 费夫 计算。 之后 费夫 跑，最好
选择“不导入路径”以避免重新导入项目中已有的路径。 后
也就是说，这些路径将以正常的黑色文字书写，表明它们是
可供进口。

轻便 棕色 背景
浅棕色背景用于指示单个散射路径。

轻便 蓝色 背景
浅蓝色背景用于表示共线或接近共线的多重
散射路径。

语境 菜单
此页面的每个部分都有有趣且有用的上下文菜单。 这些菜单
可以通过右键单击。

右键单击页面顶部文本框中的任意位置将弹出一个菜单，其中包含
查看文件的选项 费夫 计算。

在解释图表中右键单击将发布一个与解释相关的选项菜单
您单击的行上的路径。 四种路径中的每一种
上面描述的字体有自己的菜单。

对于在拟合中导入的路径，菜单提供了绘制路径的选项，
显示该路径的页面，包括或排除适合的路径，选择或
取消选择该路径进行绘图，使该路径成为评估 def 的默认值
拟合后的参数，显示包含路径的文件的文本，或丢弃
路径。 包括或排除以及选择或取消选择的选择取决于
在数据和路径列表中该路径的状态。 还有一些选项可能是灰色的
取决于该路径的状态。

对于尚未导入项目的路径，上下文菜单允许您
导入路径，可选择显示其页面或将显示留在 费夫
解释。 对于无法导入的路径，会贴出这样的消息
当这些行之一被右键单击时。

解释图表允许扩展图表中的线条选择。 你可以
通过按住 Control 键同时单击鼠标左键来选择其他路径
按钮。 左键单击时按住 shift 键选择锚点之间的所有线
（用虚线标出的那个）和您单击的那个。 您也可以单击并
拖动以选择您拖过的所有线条。 When more than one line is selected, the
上下文菜单的内容更改以反映对许多人有意义的功能
路径。 因此，在解释图中扩展选择是一种很好的方式
包括/排除、选择/取消选择或绘制大量路径。

选择多行时弹出的上下文菜单可能有点令人惊讶。
它的内容取决于锚定线的状态，在这种情况下是
右键单击以发布菜单。 上下文菜单中的选项将是
适合锚定选择的状态，而不管其他选择的状态
选定的行。 如果您选择的菜单项对某些
选定的行，这些行将被忽略。

这是一个具体的例子。 假设您选择了许多行，其中一些是
包含在 fit 中，其中一些未在 fit 中导入。 如果你那时
右键单击包含的路径之一，您将获得适合包含的选项
路径。 如果您随后要求将选定的路径与数据一起绘制，则包含的路径
将被绘制并且导入的路径将被忽略。 相反，如果您单击其中之一
尚未导入的路径，上下文菜单将为您提供以下选项
导入选定的路径。 在这种情况下，已经导入的路径
将被忽略。

障碍 射击
有时，您可能会在 费夫 解释没有正确报告
路径的内容。 发生这种情况时，站点标记将替换为以下字符串：
” ”。有几个常见的原因，您可能会看到“ ” 标签：

1. 你已经完成了一些高级巫毒 费夫, 编辑“files.dat”或“paths.dat”
文件然后重新运行最后一个模块以产生专门的输出。

2. 你发现了算法中的错误 阿蒂米斯 用于收集信息
此 费夫 计算。 在这种情况下，您应该发送“feff.inp”文件或
阿蒂米斯 项目文件给布鲁斯，以便他可以解决问题。

请注意，“ " 标签可能并不表明 费夫 具有
行为不端。 这 费夫 计算必须运行到完成并生成其正常输出
在这个问题表现出来之前。 这 费夫 计算几乎肯定是可用的
来分析数据。 这 费夫 解释页面是 阿蒂米斯的尝试组织
有关的信息 费夫 以某种用户友好的格式进行计算。 那这个
组织努力失败并不一定表明 费夫 失败。

阿尔忒弥斯： 这款 途径 页

ARTEMIS - 路径页面

每当出现路径页面时都会显示 费夫 路径是从数据和路径列表中选择的。
该页面用于建立该路径的路径参数的数学表达式。

页面顶部有一行标识哪个 费夫 计算此路径来自。
下面是三个切换。 一个用于包含 inlcude 或排除路径
合身使用。 还有很多其他方式 阿蒂米斯 包含和排除其他路径
而不是使用这个切换。 请参阅 Feff 解释页面和“artemis_menubar”了解更多信息
对此的讨论。 此外，Control-t 与单击此切换按钮相同。

第二个切换用于指定您希望在拟合（或求和）后绘制的路径
路径）完成。 默认情况下，数据和拟合（或总和）在拟合之后绘制
（或总和）并且没有绘制路径。 为绘图选择的任何路径都将添加到
拟合（或总和）完成后绘制。

第三个toggle用于设置哪个路径是Def评估的默认路径
拟合后的参数。 可以编写数学表达式来评估
不同的路径不同。 一个例子可能是使用“reff”的数学表达式
范围。 对于任何这样的 Def 参数，有必要告诉 阿蒂米斯 应该走哪条路
用于在日志文件中报告这些参数。 默认是使用
数据和路径列表中列出的第一个路径。

下面是一个总结路径的框。 这给出了有关路径的一些统计信息
以及显示散射路径的彩色编码“地图”。 中心原子是
始终以红色文本显示。 其他原子是黑色文本。 灰色文本显示
路径每条腿的长度和散射角。 在高阶倍数的情况下
散射路径的腿之间有一个非零的欧拉 eta 角，
eta 角度也将显示。 如果最后一句话是胡言乱语，那就足够了
知道在真实的 EXAFS 数据中几乎永远无法观察到这种路径。

页面底部是路径参数列表。 这是最重要的
页面的一部分，因为正是在这里实现了拟合模型的细节。
每种类型的路径参数都有一个输入框。 数学
应在输入框中输入适合每个参数的表达式。

当 费夫 计算导入到 阿蒂米斯, 一组自动参数是
生成，进入Guess, Def, Set页面列表，进入路径
每个导入路径的参数框。 默认行为 阿蒂米斯 是生成一个
适用于简单、单一散射、第一壳拟合的参数集。 虽然它
可能可以立即单击绿色大按钮，大多数拟合模型都需要
大量编辑。

鼠标右键在路径页面上有许多重要用途。 单击
任一输入框中的鼠标右键将突出显示下方的单词
光标并张贴菜单。 菜单中的条目用于将单词定义为
Guess, Def, Set 页面上的参数。 对于每种参数类型，都有一个选项
跳跃或停留。 在任何一种情况下，参数都被定义并添加到列表中
GDS 页面。 跳转时，会显示 GDS 页面。 对于停留，当前路径
页面保持显示。

右键单击路径参数标签之一将发布相关功能菜单
定义路径参数数学表达式。 “编辑”选项将弹出一个使用的对话框
用于输入数学表达式，然后可选择将其值导出到其他路径。
“清除”选项就是这样做的。

各种“导出”选项是将路径参数限制为相同的方法
其他路径。 “Grab”选项使当前路径参数与路径相同
上一条或下一条路径中的参数。

“sigma^2”标签有一些额外的选项。 这些插入语法正确的
适合使用相关德拜或单频爱因斯坦模型的文本
对于路径的 sigma^2。

启用“dphase”、“k_array”、“amp_array”或“phase_array”的空格显示
路径参数，必须点击路径中的“扩展路径参数”按钮
菜单。

阿尔忒弥斯： 这款 历史记录 查看器

ARTEMIS - 日志查看器

当拟合锚定在数据和路径列表中时，日志文件查看器将显示在
主面板。 此页面的目的是检查最近拟合的日志文件或
从以前的配合。 这些日志文件可以单独读取，也可以生成报告
根据他们的内容。

显示此页面时，每个拟合都输入到左侧的列表框中
页。 在列表框中的合适位置上双击鼠标左键将显示
fit 的原始日志文件。 右键单击适合将发布一个菜单，其中包含显示选项
适合原始、快速或柱状形式的日志文件或用于执行其他一些任务
与那契合有关。

然而，比显示日志文件更有趣的是生成关于日志文件的报告。
日志文件。 靠近页面顶部的是一个组合框，用于在以下参数中进行选择
猜测、定义、设置页面。 选择一个，然后点击“写报告”按钮
find 从每个日志文件中提取参数最佳拟合值和不确定性。 这个
功能允许您在开发过程中跟踪各个拟合参数的演变
你的拟合模型。

包含拟合参数名称的组合框使用内容填充
Guess, Def, Set 页面。 有时填充组合框可能会很有用
使用从日志文件中提取的参数名称。 这将很有用，例如，
用于检查曾经使用过但不再出现在 GDS 页面上的参数
或已成为跳过参数（因此不包含在组合框中
默认）。 为此，右键单击拟合并选择“获取参数列表”项。

可以对日志查看器生成的报告进行一些修改。 点击
“计算平均值”按钮告诉 阿蒂米斯 计算算术平均值和
参数与从各种日志文件中提取的值的标准偏差。
这些将显示在报告的标题中。

点击“适合爱因斯坦温度”按钮会告诉 阿蒂米斯 将 sigma^2 数据拟合到
由单频振荡器加上恒定偏移量组成的模型。 那个报告
然后标题将包含该特征的最佳拟合值和不确定性
温度和恒定偏移。 这种计算只会发生在
所选日志文件的优点是温度和所选日志文件的最佳拟合值
参数是合理的 sigma^2 值。 此函数对
品质因数和最佳拟合值，以确定它们是否适合于
这个计算。 这些启发式可以通过在日志视图中设置参数来调整
首选项对话框的一部分。

右键单击上下文菜单中的项目时显示的上下文菜单中的最后一项
日志文件列表是恢复该拟合模型的一个选项。 其中的信息是
每次进行拟合时保存的是拟合模型的完整描述，包括
适合哪个数据文件，完整列表 费夫 使用的路径，以及所有拟合，数据，
和路径参数。 此功能允许您恢复 阿蒂米斯 到它所处的状态
过去的契合。 当你做这个回归时， 阿蒂米斯 将清除内容
数据和路径列表，然后以所选配件的形式重新创建项目
模型。 这不仅仅是参数值的更改。 阿蒂米斯 跟踪所有
数据和 费夫 在整个项目过程中使用的路径，可以恢复甚至适合
与当前的拟合显着不同。

输入 雅典娜 项目资料 || 输出文件 || 阿蒂米斯 项目文件 ||

阿尔忒弥斯： 绘制 时间

ARTEMIS - 绘制数据

情节在 阿蒂米斯 是使用数据和路径列表中的选定项目制作的，它们是
以橙色突出显示的那些。 有关如何操作的说明，请参阅主要文档部分
到要绘制的选定项目。

绘图面板的顶部是三个大的红色按钮。 一个是用于制作情节
k-space，一个是R-space，第三个是q-space（即back-transformed k-space）。

k-加权
绘图按钮下方是一组单选按钮，用于设置要在
地块。 选择的 k 权重将用于对 k 空间中的图加权或对数据进行加权
傅立叶变换。 每个选定的项目都使用相同的 k 权重。 按钮
标记为“kw”需要一些解释。 选择此按钮时，要使用的 k 权重
绘图将根据绘制的数据确定。 如果任意 k 权重
为数据集启用，将使用任意 k 权重的值，否则
将使用启用的最小 k 权重值。 使用“kw”有两个原因
按钮。 一种是使用您的任意权重进行绘图。 另一种是制作两个的情节
或多个数据集对每个数据集使用不同的 k 权重。

请注意，这些 k-weight 控件与设置 k-weight 的控件无关
合身时使用。 用于拟合和绘图的 K 加权是独立控制的。

选择 什么是 获取 绘制
k-weight 单选按钮下方是用于选择复杂功能部分的菜单
chi(R) 或 chi(q) 绘制。 涉及复杂函数的多个部分的图（例如
real+envelope）目前是不可能的。

在这些菜单下方是用于绘制傅立叶变换窗口的三个复选按钮，
背景函数和残差。 如果按下窗口按钮，则
将在任何图中绘制适当的窗函数。 背景和残差
仅当所选项目之一适合时才绘制函数。 背景将
仅在为该拟合进行背景优化时才绘制。 如果不合适
所选项目，背景和残差将不会被绘制。 注意一个情节
如果背景或残余
按钮被按下，因为背景和残差将被绘制为每个拟合。

在三个空间中绘制的范围由
三套输入框。

追求卓越 绘制 产品优势
绘图面板中的两个附加选项卡包含以下控件
实用程序：

指标

指标是垂直条，可以放置在用户选择的 k-、R- 或
q空间。 每次绘制图表时都会显示这些指标。 这个想法是
指标是眼睛的指南，将注意力吸引到感兴趣的地方作为数据
正在绘制的变化。

在 k 或 q 空间中选择的指标将在 k 和 q 空间中绘制，但
不在 R 空间。 同样，在 R 空间中选择的指标不会以 k- 或
q空间。

指标的几个特征，包括数量、线型和
颜色，可以在首选项对话框的绘图部分中设置。

这些指标与下面描述的每个绘图选项配合得很好。

堆叠

堆叠是指各种迹线的垂直位移。 这是最有用的
在 k 空间中绘制各种路径贡献，但有时在其他类型中很有用
情节也是如此。 Stacking需要三个参数，在stacking中设置
记事卡。 第一个控件是一系列单选按钮，用于选择是否堆叠
在 k 空间中，总是发生，或者从不发生。 如果选择 k 空间选项，则 q 空间图
的实部或虚部也将被堆叠。 （基本上，“k-空间”选择
指波数的任何摆动函数。）另外两个控件设置初始
偏移值和步骤之间的增量。

倒相

反转是显示“|chi(R)|”中路径贡献的有用工具地块。
选择此项后，“|chi(R)|” 从情节中包含的任何路径将是
乘以 -1，使它们向下贴在零轴下方。 希望这样的剧情
有助于减少混乱，同时仍然有助于显示哪些路径贡献于何处。 这
此记事卡上的单选按钮允许您在永不反转、反转之间进行选择
"|chi(R)|", 或反转 "|chi(R)|" 和“|chi(q)|”。 中的实部和虚部
R 或 q 空间永远不会反转。 chi(k) 也从不反转。 反转关闭
whenever stacking is selected and would effect the current plot (ie you cannot stack and
同时反转）。

时间 集 抵消

此功能对于多数据集绘图很有用。 这类似于堆叠
该参数表示用于绘图的垂直偏移。 每个跟踪与一个
特定数据集绘制在同一层，但数据集将被偏移
此控件指定的金额。 这提供了一种同时可视化所有
多个数据集的一部分拟合。 推荐负值，负值
偏移，轨迹将按照与图中相同的顺序从上到下绘制
传说。

使用数据集偏移时禁用堆叠。 反演与数据集一起使用
偏移量，尽管我认为这会导致绘图混乱。

调色板 || 使用数据和路径列表 || =head1 ARTEMIS：编辑数学表达式

ARTEMIS - 编辑数学表达式

数学表达式编辑对话框是设置路径参数数学表达式的一种方式
一次有很多路径。 它适用于给定的路径参数，例如它设置 e0 或 sigma^2
许多路径但不涉及其他路径参数。 此对话框有两种
不同的上下文菜单。 如果在路径页面上右键单击路径参数标签
并选择“编辑多个路径”，然后将弹出对话框进行编辑
范围。 如果您右键单击 费夫 解释页面并选择
“编辑路径参数”级联，然后选择一个路径参数，弹出对话框
编辑那个参数。

操作 of 此 对话框
对话框相当简单。 顶部是一个用于输入数学的文本输入框
表达。 下面是用于指定如何应用数学的各种单选按钮
表达到项目中的各种路径。 选项是：

1. 将数学表达式添加到当前的每条路径 费夫 计算。

2. 将数学表达式添加到 each 中的每个路径 费夫 计算。

3. 将数学表达式添加到 each 中的每个路径 费夫 相关的计算
当前数据集。

4. 将数学表达式添加到选定的路径（即在
数据和路径列表）。

令牌
您可以使用令牌编写数学表达式。 令牌是短字符串，它
将被路径特定的信息替换，因为数学表达式应用于每个
小路。 代币是：

%i 路径索引 费夫 计算。 这实际上是根据名称计算的
“feffNNNN.dat”文件来自 费夫 计算。 例如，如果文件是
`feff0029.dat'，那么 %i 将扩展到 29。

%I 路径索引 费夫 计算，填充以填充四个字符。 为了
例如，如果文件是‘feff0029.dat’，那么 %I 将扩展为 0029。

%r 有效路径长度（或“reff”）从 费夫 路径的计算。

%d 路径的退化。

Debye 函数的 %DA 模板。 这总是扩展到字符串
“debye(temp,thetad)”并且可能需要事后编辑以使用正确的变量
名称。 提供这个是因为作者发现很难记住顺序
Debye 函数的参数。

爱因斯坦函数的 %EA 模板。 这总是扩展到字符串
"eins(temp,thetae)" 并且可能需要事后编辑以使用正确的变量
名称。 提供这个是因为作者发现很难记住顺序
爱因斯坦函数的参数。

阿尔忒弥斯： 自动化 (名字) 外壳 理论

ARTEMIS - 自动化第一壳理论

有时考虑拟合模型不仅仅是一个问题的价值。 你只想要一个
快速“n”脏刺第一个炮弹——也许是为了测量炮弹的质心
分布，也许可以判断样本是 4 坐标还是 6 坐标。 任何。

阿蒂米斯 不是非常适合快速射击，第一弹分析。 通过设计，
阿蒂米斯 往往会迫使用户放慢脚步，仔细思考每一步。 阿蒂米斯 is
强大，但她不简单。

quick first shell (QFS) 理论工具是尝试解决这个缺点。 它
像这样工作：

1. 导入一些数据。 将傅里叶变换和拟合参数设置为合适的
值。 具体来说，一定要设置拟合范围，使其包含
数据的第一个峰值。

2. 从理论菜单中选择“快速第一壳理论”。 这将显示 QFS
对话。

3. QFS 对话框为选择简单的第一个 shell 的参数提供了空间
理论。 这些包括吸收体和散射体的原子种类，
实验的吸收边缘，吸收体与吸收体之间的大致距离
散射体，以及用于 费夫 计算。

目前可以使用以下坐标几何：

· 四配位晶体

· 四配位晶体

·八面体分子

·四面体分子

· 方形平面分子

QFS 理论可能对协调的选择不是很敏感
几何学。 由于这些未知样本可能无法很好地描述
几何形状，它们都只是用于快速“n”脏配合的近似值。

4. 一旦你为 QFS 理论设置了参数，点击“做吧！” 按钮。
这将在不暂停的情况下逐步执行以下操作：

一种。 构建输入文件 费夫 计算

湾跑 费夫

C。 从第一个路径导入 费夫 计算

d. 为幅度、sigma^2、e0 和
delta R. 还创建了第三和第四个累积量的设置参数，但是
它们被设置为零。 创建这些更高的累积集参数是为了使它
只需将它们从
设置猜测。

如果你有一个混合的第一个 shell，你可以选择重复步骤 2 到 4 两个或更多
倍。

在这个序列的最后，你会留下 阿蒂米斯 在它的正常状态。 你可能需要
调整拟合中使用的参数。 QFS 对话框实际上只是一个工具
最初设置项目。 它丝毫不改变正常的操作 阿蒂米斯.

如果您从一个 雅典娜 项目文件，吸收体和边缘的种类
将在您启动对话框时正确设置。

菜单栏 || 首选项对话框 ||

参考文献：

以下是相关网址：

伊菲菲特
http://cars.uchicago.edu/ifeffit

规划图
http://www.astro.caltech.edu/~tjp/pgplot/

Perl的
http://www.perl.com

perl/tk
http://www.lehigh.edu/~sol0/ptk/

失踪 功能

您betcha当！

什么是 IN A 姓名？

阿蒂米斯 是狩猎女神，这是一个进行 EXAFS 分析的恰当比喻。 艺术（ART）emi 也是
对适用于英语和浪漫语言的 EXAFS 分析性质的双关语。

使用 onworks.net 服务在线使用 artemis