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bowtie2 - bowtie2-align-* 的包装器

商品描述

本·朗米德 (Ben Langmead) 的 Bowtie 2 版本 2.2.6 ([电子邮件保护]，www.cs.jhu.edu/~langmea）

用法

bowtie2 [选项]* -x {-2 -2 | -U } [-S ]


索引文件名前缀（减去尾随 .X.bt2）。 注意：领结 1 和领结 2 索引
不兼容。

具有 #1 伙伴的文件，与 中的文件配对. 可以被 gzip'ed（扩展名：.gz）
或 bzip2'ed（扩展名：.bz2）。

具有 #2 伙伴的文件，与 中的文件配对. 可以被 gzip'ed（扩展名：.gz）
或 bzip2'ed（扩展名：.bz2）。

具有未配对读取的文件。 可以是 gzip'ed（扩展名：.gz）或 bzip2'ed
（扩展名：.bz2）。

SAM 输出文件（默认：stdout）

, , 可以是逗号分隔的列表（没有空格）并且可以指定
多次。 例如'-U file1.fq,file2.fq -U 文件3.fq'。

配置 （默认值 in 括弧）

输入：
-q 查询输入文件是 FASTQ .fq/.fastq（默认）

--qseq 查询输入文件采用 Illumina 的 qseq 格式

-f 查询输入文件是（多）FASTA .fa/.mfa

-r 查询输入文件是原始的每行一个序列

-c , , 是序列本身，而不是文件

-s/ - 跳过
跳过第一个在输入中读取/配对（无）

-u/ - 取决于
第一次后停止读取/对（无限制）

-5/--trim5
修剪5'/reads 左端的碱基 (0)

-3/--trim3
修剪来自 3'/reads 右端的碱基 (0)

--phred33
品质为 Phred+33（默认）

--phred64
品质是Phred+64

--int-quals
编码为空格分隔的整数的质量

预置：
与...一样：

对于 --端到端:

- 非常快 -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

- 快速地 -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

- 敏感的 -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15（默认）

- 非常敏感 -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

对于 - 当地的:

--非常快的本地 -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00

--快速本地 -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75

--敏感本地 -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75（默认）

--非常敏感的本地 -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

对准：
-N
最大 # 种子对齐不匹配； 可以是 0 或 1 (0)

-L
种子子串的长度； 必须 >3, <32 (22)

-i
种子子串之间的间隔 w/r/t read len (S,1,1.15)

--n-细胞
func for max # non-A/C/G/Ts 在 aln (L,0,0.15) 中允许

--dpad
包括DP 表两侧的额外参考字符 (15)

--gbar
不允许有间隙读极端的核心 (4)

--忽略资格
在 Phred 量表上将所有质量值视为 30（关闭）

--nofw 不对齐阅读（关闭）的正向（原始）版本

--诺克 不对齐读取的反向补充版本（关闭）

--no-1mm-前置
在尝试扫描最佳种子之前，不允许 1 个错配比对
比对

--端到端
整个读取必须对齐； 无剪裁（上）

OR

- 当地的
局部对齐； 末端可能被软剪裁（关闭）

评分：
- 嘛
比赛奖金（0为 --端到端，2 for - 当地的)

--mp
错配的最大惩罚； 较低的质量 = 较低的惩罚 (6)

--np
read/ref (1) 中非 A/C/G/T 的惩罚

--rdg ,
阅读差距打开，延长处罚（5,3）

--rfg ,
参考差距打开，延长处罚（5,3）

--分数最小值 最小可接受的对齐分数 w/r/t 读取长度
（本地为 G,20,8，端到端为 L,-0.6,-0.6）

报告：
（默认）
使用 MAPQ 寻找多重比对，报告最佳

OR

-k
报到每次读取的 aln； MAPQ 没有意义

OR

-a/ - 全部
报告所有比对； 很慢，MAPQ 没有意义

努力：
-D
放弃延长后连续扩展失败 (15)

-R
对于带有重复种子的读取，请尝试种子套 (2)

双端：

-I/--minins
最小片段长度 (0)

-X/--maxins
最大片段长度 (500)

--fr/--rf/--ff -1, -2 配对对齐 fw/rev、rev/fw、fw/fw (--fr)

--无混合
抑制配对读取的未配对对齐

--无不和谐
抑制配对读取的不一致对齐

--无燕尾
当配偶彼此延伸时不一致

--不包含
当一个配对对齐包含另一个时不一致

--无重叠
当配偶完全重叠时不一致

输出：
-t/ - 时间
打印搜索阶段花费的挂钟时间

- 联合国
写入未对齐的未配对读取

--al
写入至少对​​齐一次的未配对读取

--un-conc
写出不一致的对

--al-conc
写入至少一次一致对齐的对

（注：对于 - 联合国, --al, --un-conc或 --al-conc, 将 '-gz' 添加到选项名称，例如
--un-gz , gzip 压缩输出，或将“-bz2”添加到 bzip2 压缩输出。）
- 安静的 除严重错误外，不向 stderr 打印任何内容
--met-文件 将指标发送到文件（离开）
--met-标准错误 将指标发送到 stderr（关闭）
--遇见 报告内部计数器和指标每秒 (1)
--没有-unal 抑制未对齐读取的 SAM 记录
--无头 抑制标题行，即以@ 开头的行
--无平方 抑制@SQ 标题行
--rg-id 设置读取组 ID，反映在@RG 行和 RG:Z: opt 字段中
--rg 添加("lab:value") 到 SAM 标头的@RG 行。

注意：@RG 行仅在 --rg-id 置。

--省略秒序列
将“*”放在 SEQ 和 QUAL 字段中以进行二级比对。

性能：
-p/--线程要启动的对齐线程数 (1)

--重新排序
强制 SAM 输出顺序匹配输入读取顺序

-毫米 使用内存映射 I/O 作为索引； 许多“领结”可以分享

其他：
--qc-过滤器
根据 QSEQ 过滤器过滤掉不好的读数

- 种子
随机数生成器的种子 (0)

--非确定性 种子兰特将军任意而不是使用读取属性

- 版
打印版本信息并退出

-h/ - 帮助
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