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cdbyank - 查询使用 cdbfasta 创建的索引文件。

商品描述

用法：
数据库[-d ] [-一种|-n|-l|-s]

[-o ] [-q |-Q][-F] [-R] [-P] [-x] [-w] [-z

是之前用 cdbfasta 创建的索引文件

（通常有一个“.cidx”后缀）

-a fasta 记录的序列名称（加入）

取回； 如果未给出，则期望在标准输入中提供加入列表

-d 是从中提取记录的 fasta 文件；

如果未指定，cdyank 将在同一目录中查找
驻留，用于具有相同名称但没有“.cidx”后缀的文件

-o 找到的记录写入文件而不是标准输出

-x 允许检索每个键的多条记录，如果索引

数据库有具有相同键（非唯一键）的记录； （没有 -x 只有一个
检索给定键的记录）

-i 不区分大小写的查询（期望曾经

用 cdbfasta 创建 -i 选项​​）

-Q 输出前面用字符'%'包围的查询键

对应记录

-q 一样 -Q 但使用字符代替 '％'

-w 未找到密钥时启用警告（发送到 stderr）

-F 仅拉取每条记录的定义（丢弃序列）

-P 只显示文件内的位置（文件偏移）

数据库文件，用于请求的记录

-R 序列范围提取：期望输入具有

格式： ' ' 并仅拉出指定的序列范围

-z 解压整个文件

（假设它是使用带有“-z”选项的 cdbfasta 构建的）

-v 显示版本号并退出

索引文件统计（不需要数据库文件）： -n 显示记录数
索引 -l 列出存储在的所有密钥 -s 显示索引摘要信息

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