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codonw - 密码子使用的对应分析

商品描述

codonW [inputfile] [outputfile] [bulkoutfile] [options] 一般选项和默认值：

-h（埃尔普）
此帮助信息

-名称菜单
防止显示菜单界面

-警告
防止显示有关序列的警告

-无声
静默覆盖文件

-总计
连接输入文件中的所有基因

-机
机器可读输出

人的 人类可读的输出

-码 N
菜单 3 选项 5 下定义的遗传代码

-f_类型 N
菜单 3 选项 6 定义的 Fop/CBI 密码子

-c_类型 N
菜单 3 选项 7 定义的蔡适应度值

-t (字符)
要在输出文件中使用的列分隔符（逗号、制表符、空格）

密码子使用指数和氨基酸指数

-蔡 计算密码子适应指数 (CAI)

-fop 计算最佳密码子指数 (FOP) 的频率

-cbi 计算密码子偏差指数 (CBI)

-enc 有效密码子数 (ENc)

-GC 基因的 G+C 含量（所有 3 个密码子位置）

-gcs3 同义密码子第 3 位的 GC

-sil_base
同义第三密码子位置的碱基组成

-L_sym 同义密码子数

-L_aa 同义和非同义密码子总数

-所有索引
以上所有指标

-阿罗 计算蛋白质的芳香度

-水合 计算蛋白质的亲水性

-cai_文件
{file} CAI 值的用户输入文件

-cbi_文件
{file} CBI 值的用户输入文件

-fop_文件
{file} Fop 值的用户输入文件

对应分析 (COA) 选项

-coa_cu
密码子使用频率的 COA

-coa_rscu
相对同义密码子使用的 COA

-coa_aa
氨基酸使用频率的 COA

-coa_专家
生成有关 COA 的详细（专家）统计信息

-coa_轴 N
选择要记录的轴数

-coa_num N
选择用于识别最佳密码子值的基因数量可以是完整的
数字或百分比（5 或 10%）

批量输出选项 | 每次分析只能选择一个

-aau 氨基酸用量 (AAU)

-劳 相对氨基酸用量 (RAAU)

-和 密码子使用 (CU)（默认）

-cutab 密码子使用列表

-切块 数据集密码子使用列表

-RSCU 相对同义密码子使用 (RSCU)

-法斯塔 fasta 格式

-整齐的 fasta 格式

-读者
阅读器格式（密码子用空格分隔）

-翻译
DNA 到氨基酸的概念翻译

-基础 密码子G+C组成的详细报告

-迪努克 三个密码子位置的二核苷酸用法。

-贵族 没有要写入文件的批量输出

其中 {file} 表示输入文件名，N 表示整数值 Controlled exit <>

使用 onworks.net 服务在线使用 codonw