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dialign-tx - 基于段的多序列比对

概要

对齐-TX [配置] {conf目录} {fasta 文件} [fasta-out-文件]

商品描述

DIALIGN-TX 是一种改进的基于片段的多蛋白质比对算法。
DIALIGN-TX 是对基于段的方法的完全重新实现，包括几个
显着提高输出质量的新改进和启发式方法
与 DIALIGN 2.2 相比的对齐方式。 这种显着的优势已经在
本地以及全球对齐基准。

配置

-d
调试模式 [默认 0]

0 无调试语句

1 调试当前阶段的处理

2 非常啰嗦的调试

5 硬核调试

-s
输入序列的最大数量 [DEFAULT 5000]。

-a
FASTA 文件中每行的最大字符数 [DEFAULT 100]。

-c
打印序列时每行的最大字符数 [DEFAULT 80]。

-l
灵敏度模式，级别越高，虚假随机碎片的可能性越小
以局部对齐方式对齐 [DEFAULT 0]

0 关闭

1 level-1，降低灵敏度

2 2 级，强烈降低灵敏度

-m
分数矩阵文件名（在配置目录中）[DEFAULT PROTEIN: BLOSUM.scr]
/ [默认 DNA：dna_matrix.scr]。

-w
定义权重公式改为1-pow(1-prob, factor)时的最小权重
[默认 0.000000065]。

-p
概率分布文件名（在配置目录中）[DEFAULT PROTEIN:
BLOSUM.diag_prob_t10] / [默认 DNA：dna_diag_prob_100_exp_550000]。

-v
添加到每个分数（以防止出现负值）[DEFAULT 0]。

-t

序列比对低分的“偶数”阈值 [DEFAULT PROTEIN: 4] / [DEFAULT
DNA：0]。

-n
包含低分位置的窗口的最大连续位置数
[默认蛋白质：4] / [默认 DNA：1]。

-g
停止标准的全局最小片段长度 [DEFAULT PROTEIN: 40] / [DEFAULT
DNA：1]。

-m
包含低评分位置的碎片窗口中允许的最小平均分数 [默认
蛋白质：4.0] / [默认 DNA：0.9]。

-o
是否计算重叠权重 [DEFAULT 0]。

-f
最小片段长度 [默认 1]。

-r
考虑片段的阈值权重 [DEFAULT 0.0]。

-u
[默认 0]

1：仅使用一个 sqrt(amount_of_seqs) 相邻序列条带来
计算成对比对（提高性能）。

0：将计算所有成对比对。

-A
可选的锚文件。 [默认无]

-D
输入是 DNA 序列。

-T
从头到尾将 DNA 翻译成氨基酸（长度将被切割为 mod 3 = 0）。

警告
不要用 -D 使用此选项（蛋白质输入的默认值将被加载）。

-L
仅比较最长的开放阅读框架。

警告
不要用 -D 使用此选项（蛋白质输入的默认值将被加载）。

-O
将 DNA 翻译成氨基酸，计算每个序列的阅读框
最长的 ORF。

警告
不要用 -D 使用此选项（蛋白质输入的默认值将被加载）。

-P
以氨基酸输出，没有重新翻译 DNA 序列 [默认：输入 = 输出]。

-F
快速模式（意味着 -l0，因为它已经显着降低了灵敏度）。

-C
生成保存在/usr/share/dialign-tx/prob_table 中的概率表并退出。

-H, -h
打印此消息。

使用 onworks.net 服务在线使用 dialign-tx