这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一（例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器）在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 exactSNP
程序：
您的姓名
ExactSNP - 通过在本地背景下测试信号来发现 SNP 的 SNP 调用程序
噪音
用法
精确SNP [选项] -i 输入 -g 参考基因组 -o 产量
必需的参数：
-i
指定包含读取映射结果的输入文件的名称。 这
[-b if BAM] 输入文件的格式可以是 SAM 或 BAM (-b 需要指定
如果提供了 BAM 文件）。
-g
指定包含所有参考序列的文件名。 只有一个FASTA
应提供格式文件。
-o
指定输出文件的名称。 该程序输出一个 VCF 格式的文件，该文件
包括发现的 SNP。
可选参数：
-a
提供一组带注释的 SNP（例如 dbSNP 数据库中包含的 SNP）。 这
提供的文件应为 VCF 格式。 向程序提供已知的 SNP 应该
提高其 SNP 调用性能。 请注意，提供的 SNP 可能是也可能不是
叫。
-b 指示通过提供的输入文件 -i 是 BAM 格式。
-Q
指定序列深度为 50X 时 SNP 调用的 q 值截止值。 12 由
默认。 对应的 p 值截止值为 10^(-1*问）。 注意这个程序
根据每个序列的测序深度自动调整 q 值截止值
染色体位置。
-f 指定包含 SNP 的最小错配碱基比例
位置必须有。 它的值必须介于 0 和 1 之间。默认情况下为 0。
-n
指定包含 SNP 的位置必须的最小错配碱基数
有。 默认为 1。
-r
指定包含 SNP 的位置必须具有的映射读取的最小数量（即。
最低覆盖率）。 默认为 1。
-x
指定包含 SNP 的位置具有的最大映射读取数。
默认为 3000。 任何读取次数超过阈值的位置都将
不被考虑用于 SNP 调用。 此选项可用于删除 PCR
文物。
-s
指定读取碱基必须满足的最低碱基质量分数（Phred 分数）
用于 SNP 调用。 默认为 13。 阅读质量分数低于 13 的碱基
将被排除在分析之外。
-t
指定从读取的每一端修剪掉的碱基数。 3 默认。
-T
指定线程数。 默认为 1。
-v 程序的输出版本。
示例：
精确SNP -i 我的对齐.sam -g 毫米10.fa -o 我的 SNPs.txt
使用 onworks.net 服务在线使用精确 SNP
