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gene2xml - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行gene2xml

这是命令gene2xml,可以使用我们的多个免费在线工作站之一(例如Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或MAC OS 在线模拟器)在OnWorks 免费托管服务提供商中运行

程序:

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gene2xml - 将 NCBI Entrez Gene ASN.1 转换为 XML

概要


基因2xml [-[-b[-c[-i 文件名[-l[-o 文件名[-p [-r [-t N[-x]
[-y[-z]

商品描述


基因2xml 是将Entrez Gene ASN.1 转换为XML 的独立程序。 恩特雷斯基因
数据在 NCBI ftp 站点上存储为压缩的二进制 Entrezgene-Set ASN.1 文件,以及
有后缀 .ags.gz. 这些比压缩的 XML 文件小几倍,
从而显着节省磁盘存储和网络带宽。 普通的
由gene2xml 处理产生具有相同名称但具有相同名称的文本XML 文件 .xgs 作为
后缀。

配置


下面是选项的摘要。

- 打印使用信息

-b 文件是二进制的

-c 文件被压缩

-i 文件名
不使用时的单一输入文件(默认为标准输入) -p

-l 日志处理(列出使用时处理的文件 -p)

-o 文件名
不使用时的单个输出文件(默认为标准输出) -p

-p
文件路径(如果处理整个目录)

-r
使用时的结果路径 -p; 默认为输入目录

-t N 限制到给定的分类单元 ID(每 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/)

-x 将 .ags 提取到文本 .agc(以前分发的格式)

-y 将 .agc 与文本 .ags 结合(用于测试)

-z 将 .agc 组合成二进制 .ags,然后 gzip

使用 onworks.net 服务在线使用gene2xml


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