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gmx-do_dssp - 分配二级结构并计算溶剂可及表面积

概要

gmx do_dssp [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[地图 [<.map>][-ssdump [<.dat>][-o [<.xpm>]]
[-sc [<.xvg>][-a [<.xpm>][- 那 [<.xvg>]]
[-aa [<.xvg>][-b [-e [-dt ]
[tu [-[现在[-xvg [-SSS ]
[-版本 ]

商品描述

GMX 做_dssp 每次读取轨迹文件并计算二级结构
帧调用 dssp 程序。 如果您没有 dssp 程序，请从
http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp. GMX 做_dssp 假设 dssp 可执行文件位于
in /usr/本地/bin/dssp. 如果不是这种情况，那么你应该设置一个环境
变量 DSSP 指向 dssp 可执行文件，例如：

设定 DSSP /opt/dssp/bin/dssp

从 2.0.0 版开始，dssp 的调用语法与早期版本不同。 如果
您有旧版本的 dssp，请使用 -版本 指示 do_dssp 使用旧版本的选项
句法。 默认情况下，do_dssp 使用版本 2.0.0 引入的语法。 甚至更新
版本（在撰写本文时尚未发布）被假定为具有相同的
语法为 2.0.0。

每个残基和时间的结构分配被写入 .xpm 矩阵文件。 这个
文件可以用例如可视化 xv 并且可以转换为 postscript
xpm2ps. 单个链由浅灰色线分隔 .xpm 和附言
文件。 每种二级结构类型的残基数和二级结构总数
结构体 （-SSS) 作为时间函数的计数也被写入文件 (-sc).

可以计算每个残留物的溶剂可及表面 (SAS)，均采用绝对值
(A^2) 和残留物的最大可接近表面的分数。 最大的
可及表面定义为链中残基的可及表面
甘氨酸。 备注 程序 [gmx-sas] 也可以计算 SAS
高效。

最后，这个程序可以将二级结构转储到一个特殊的文件中 转储文件
程序中的使用 GMX 太极拳. 这两个程序可以一起用于分析二面角
属性作为二级结构类型的函数。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件

地图 [<.map>] （SS.地图） （图书馆）
将矩阵数据映射到颜色的文件

指定输出文件的选项：

-ssdump [<.dat>] （ssdump.dat） （可选）
通用数据文件

-o [<.xpm>] (ss.xpm)
X PixMap 兼容矩阵文件

-sc [<.xvg>] （计数.xvg）
xvgr/xmgr 文件

-a [<.xpm>] （区域.xpm） （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件

- 那 [<.xvg>] (totarea.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-aa [<.xvg>] （平均面积.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧

tu （PS）
时间值单位：fs、ps、ns、us、ms、s

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-SSS (HEBT)
用于结构计数的二级结构

-版本 (2)
DSSP 主要版本。 语法随版本 2 更改

使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-do_dssp