norsp - 云端在线

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程序:

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norsp - 非规则二级结构 (NORS) 的预测因子

概要


norsp [选项] -fileSeq -fileHssp -filePhd -filePhdHtm
-fileCoils

商品描述


许多结构灵活的区域在生物过程中发挥着重要作用。 它有
已经表明,扩展的环状区域在自然界中非常丰富,并且它们是
进化保守。 NORSp 是一个公开可用的无序区域预测器
在蛋白质中。 具体来说,它预测没有规则二级结构的长区域。
用户提交蛋白质序列后,NORSp 将分析蛋白质
二级结构,以及跨膜螺旋和卷曲螺旋的存在。 然后它会
向用户返回关于无序区域的存在和位置的电子邮件。

NORSp 可以通过多种方式对生物学家有用。 例如,晶体学家可以
检查他们的蛋白质是否包含 NORS 区域并决定是否
继续进行实验,因为 NORS 蛋白可能难以结晶,因为
它们在 PDB 中的低出现率证明了这一点。 对蛋白质感兴趣的生物学家
结构 - 功能关系也可能会很有趣,以验证是否
蛋白质-蛋白质相互作用位点与 NORS 区域重合。

查看官方网站寻求帮助
.

输出 格式
自注释,参见示例输出 /usr/share/doc/norsp/示例.

参考文献:


Liu, J. 和 Rost, B. (2003)。 NORSp:没有常规辅助的长区域的预测
结构体。 核酸研究, 31(13),3833 5。
Liu, J.、H. Tan 和 B. Rost。 环状蛋白质在进化中显得保守。 分子生物学杂志,
322(1):53-64, 2002。

配置


-文件序列=文件
输入序列文件

-fileHssp=文件
输入hssp文件

-文件博士=文件
输入二级结构文件

-filePhdHtm=文件
输入跨膜螺旋文件

-文件线圈=文件
输入盘绕线圈文件。 注意 '文件_raw' 也被读取。 生成这些
线圈缠绕(1)。

-文件总和=文件
输出预测摘要文件

-o=文件
输出预测文件

--赢=NUMBER
窗口大小

--秒切=NUMBER
最大结构含量

--accLen=NUMBER
最小连续暴露残留

-html
以 HTML 格式输出

-v,--版本
挪威版

-调试
调试信息

-?, - 帮助
帮助画面

使用 onworks.net 服务在线使用 norsp



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