这是命令 pair_align 可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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pair_align - 成对对齐
概要
pair_align [选项] -s 英法
商品描述
该程序允许使用动态编程对齐来对齐两个序列
算法，同时调整各种参数。
-h, - 帮帮我
显示此帮助消息。
- 版
显示版本信息
主要选项：
-s, --seq 英法
具有两个序列的 FASTA 文件。 有效的文件类型是：fasta 和 fa。
-a, - 字母
序列字母表。 蛋白质、dna、rna 和文本之一。 默认值：蛋白质。
-m, - 方法 方法
DP 对齐方法：Needleman-Wunsch、Gotoh、Smith-Waterman、Longest Common
子序列 nw、gotoh、sw 和 lcs 之一。 默认值：gooh。
-o, --输出文件 输出
输出文件名。 有效的文件类型为：fa、fasta 和 msf。 默认值：out.fasta。
评分选项：
-g, --戈普 INT
空位罚球。 默认： -11.
-e, --gex INT
间隙扩展惩罚。 默认： -1.
-嘛, - 矩阵 矩阵文件
分数矩阵。
-多发性硬化症, --MSC INT
比赛成绩。 默认值：5。
-毫米, --mmsc INT
错配处罚。 默认： -4.
带状对齐选项：
它, - 低的 INT
下对角线。
-嗨, - 高的 INT
上对角线。
DP 矩阵配置选项：
-c, --配置 大会
对齐配置。 ffff、ffft、fftf、fftt、ftff、ftft、fttf、fttt 之一，
tff、tfft、tftf、tftt、ttff、ttft、tttf 和 tttt。
对齐配置
对齐配置是一个由四个字符组成的字符串，每个字符要么是 t 要么是
F。 允许所有组合。 含义如下。
tfff 第一行初始化为 0。
ftff 第一列初始化为 0。
fftf 搜索最后一列的最大值。
ffft 搜索最后一行的最大值。
VERSION
pair_align 版本：1.1 最后更新于 2012 年 XNUMX 月
使用 onworks.net 服务在线使用 pair_align
