这是 probalign 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
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probalign - 对齐 MFAFILE(s) 中的序列并将结果打印到标准输出
商品描述
PROBALIGN 1.4 版（2010 年 XNUMX 月）对齐多个蛋白质序列并打印到
标准输出。 由 Satish Chikkagoudar 和 Usman Roshan 使用 PROBCONS 的代码编写
版本 1.1（由 Chuong Do 编写）并基于 probA（由 Ulrike Muckstein 编写）。
PROBALIGN 1.4 不附带任何保证。 这是免费软件，您是
欢迎在特定条件下重新分发。 有关详细信息，请参阅自述文件。
用法：
probalign [选项]... [MFAFILE]...
描述：
对齐 MFAFILE(s) 中的序列并将结果打印到标准输出
-clustalw
使用 CLUSTALW 输出格式而不是 MFA
-v, --详细
对齐时报告进度（默认：关闭）
-a, --对齐顺序
按对齐顺序而不是输入顺序打印序列（默认：关闭）
-T, -温度
设置热力学温度参数
（默认值：5（对于蛋白质数据模式），1（对于核苷酸数据模式））。
-分数矩阵, --分数矩阵
设置用于计算后验概率的评分矩阵的类型
（默认：gonnet_160，代表gonnet 160，详见README）
-走, --间隙打开
此选项可用于指定间隙开放参数。 Gonnet 的默认设置
160（蛋白质）为 22，核苷酸（简单矩阵）为 4。
-ge, --gap-扩展
此选项可用于指定间隙扩展参数。 默认为
Gonnet 160（蛋白质）为 1，核苷酸（简单矩阵）为 0.25。
-nuc
指定此选项以指示输入的序列是核苷酸序列
-保护
指定此选项表示输入的序列是蛋白质序列
[默认]
-showPP
输出对齐列的后验概率作为一个名为的新序列
后验概率（概率值被缩放到整数之间
在0年至9年之间）。
使用 onworks.net 服务在线使用 probalign
