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渐进式Mauve - 有效构建多个基因组比对

商品描述

渐进式紫红色用法：

当每个基因组驻留在单独的文件中时：progressiveMauve [options]
...

当所有基因组都在一个文件中时：progressiveMauve [options]

配置

--岛间隙大小=核苷酸中超过此大小的比对间隙被认为是
成为岛屿 [20]

--个人资料=（尚未实现）以 XMFA 格式读取现有序列比对
并将其与其他序列或比对对齐

--应用骨干=以 XMFA 格式读取现有序列比对并应用
对其进行骨干统计

--禁用骨干网 禁用主干检测

--妈妈们 仅查找 MUM，不要尝试确定局部共线块 (LCB)

--种子重量=使用指定的种子权重计算初始锚点

--输出=输出文件名。
默认打印到屏幕

--backbone-输出=主干输出文件名（可选）。

--匹配输入=使用指定的匹配文件而不是搜索匹配

--输入-id-矩阵=描述所有输入对之间相似性的单位矩阵
序列/比对

--最大间隙对齐器长度=尝试对齐的最大碱基对数
有间隙的矫正器

--输入指南树=NEWICK 格式的系统发育指南树，描述了
序列对齐的顺序

--输出指南树=写出用于对齐到文件的引导树

- 版 显示软件版本信息

-调试 在调试模式下运行（执行内部一致性检查——非常慢）

--scratch-path-1=指定可用于临时数据存储的路径。
应指定两个或更多路径。

--scratch-path-2=指定可用于临时数据存储的路径。
应指定两个或更多路径。

--共线 假设输入序列是共线的——它们没有重排

--计分方案=选择锚定得分函数。
默认值为现存的总和对 (sp)。

--无权重缩放 不要通过守恒距离和断点缩放 LCB 权重
距离

--最大断点距离比例=设置最大权重缩放比例
断点距离。
默认为 0.5

--保护距离尺度=按此量缩放守恒距离。
默认为 0.5

--肌肉参数=MUSCLE 的附加命令行选项。
任何引号都应该用反斜杠转义

--跳过细化 不执行迭代细化

--跳过间隙对齐 不执行间隙对齐

--bp-dist-估计最小分数=用于估计成对断点的最小 LCB 分数
距离

--内存清洁 调试内存分配时将此设置为 true

--间隙打开=空位罚分

--重复惩罚=设置重复分数是负数还是归零
对于高度重复的序列。
默认值为负。

--间隙扩展=差距扩大处罚

--替代矩阵=NCBI 格式的核苷酸置换矩阵

--重量=最小成对 LCB 分数

--最小缩放惩罚=缩放惩罚后的最小断点惩罚
预期背离

--hmm-p-go-同源=从不相关的过渡到相关的概率
同源状态 [0.00001]

--hmm-p-go-无关=从同源转换到同源的概率
无关状态 [0.000000001]

--嗯-身份=序列对之间序列同一性的预期水平，
介于 0 和 1 [0.7] 之间

--种子家族 使用间隔种子家族来提高敏感性

--固体种子 使用固体种子。 不允许在锚定比赛中进行替换。

--编码种子 使用编码模式种子。 用于生成匹配的编码区域
第三密码子位置简并。

--禁用缓存 禁用递归锚搜索缓存以解决崩溃错误

--无递归 禁用递归锚搜索

示例

progressMauve --output=my_seqs.xmfa my_genome1.gbk my_genome2.gbk my_genome3.fasta

如果基因组在一个文件中并且没有重排：progressiveMauve --collinear
--output=my_seqs.xmfa my_genomes.fasta

使用 onworks.net 服务在线使用progressiveMauve