这是命令 reprof,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
您的姓名
reprof - 预测蛋白质二级结构和溶剂可及性
概要
reprof -i [query.blastPsiMat] [选项]
reprof -i [query.fasta] [选项]
reprof -i [query.blastPsiMat|query.fasta] --mutations [mutations.txt] [选项]
商品描述
预测蛋白质二级结构和溶剂可及性。
输出 格式
输出格式是不言自明的,即输出的列在
输出文件本身。
配置
-一世, - 输入=文件
输入 BLAST PSSM 矩阵文件(来自 Blast -Q 选项)或输入(单个)FASTA 文件。
-o, - 出去=文件
输出文件或目录。 如果未提供或目录,则后缀为
输入文件名(即 .fasta 或 .blastPsiMat)被替换以创建输出
文档名称。
--突变=[所有|文件]
预测所有可能的突变的关键字“all”或包含
每行一个突变,例如 C 的“C12M”在位置 12 上突变为 M:
C30Y
R31W
G48D
此变异代码也使用“_”附加到输出文件名。 额外的
以“_ORI”结尾的文件包含不使用进化信息的预测,即使
提供了 BLAST PSSM 矩阵。
--模型目录=DIR
存储模型和特征文件的目录。 默认: /usr/共享/reprof.
使用 onworks.net 服务在线使用 reprof