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xcrysden - 晶体和分子结构可视化工具

概要

克里斯登 [特殊选项]
克里斯登 [特殊选项] 格式选项 文件|目录

商品描述

XCrySDen 是一个晶体和分子结构的可视化程序，它旨在
等值面和轮廓的显示，可以叠加在晶体结构上
并交互式旋转和操纵。

特别 配置

-h
- 帮帮我
显示帮助信息。

-v
- 版
显示程序版本信息。

-u id
--使用 id
使用 window-ID= 加载嵌入到容器窗口中的 XCrySDenid.

-r 暗淡
--reducedim 暗淡
将 XSF 文件的周期维度减少到 暗淡. 必须在之前指定 --xsf 选项，
例如， 克里斯登 -r 2 --xsf 文件.

-c 文件
- 风俗 文件
从指定的文件加载自定义定义（语法是
~/.xcrysden/自定义定义).

-a 文件
- 属性 文件
从文件加载属性。 属性文件的格式如下：

元素色
原子序数 1 red1 blue1 green1
原子序数 2 red2 blue2 green2
...
元素半径
原子序数 1 radius1
原子序数 2 radius2
...

-l 文件
- 灯 文件
从 XCrySDen 的灯光格式文件加载灯光参数。

FORMAT 配置

--xsf 文件
从 XCrySDen 的结构文件 (XSF) 格式文件加载结构。

--animxsf 文件
--axsf 文件
从 Animated-XCrySDen 的结构文件 (AXSF) 格式文件加载结构。

--bxsf 文件
从 BXSF (Band-XSF) 文件加载波段并可视化费米曲面。

--xmol 文件
--xyz 文件
从 XYZ 格式的文件加载结构。

--pdb 文件
从 PDB 格式文件加载结构。

--gzmat 文件
从高斯 Z 矩阵加载结构（需要 Open-Babel 程序）。

--gaussian_out 文件
--gxx_out 文件
--g98_输出 文件
从高斯输出文件加载结构。 仅单点计算和
到目前为止支持优化运行。 对于优化运行，可以
渲染运行期间生成的所有结构。

- 立方体 文件
--gXX_cube 文件
--g98_cube 文件
从高斯立方体文件加载结构。 多维数据集文件应该使用
Cube=卡片选项。 仅支持标量立方体文件，即Cube=(Cards,Density)
或 Cube=(Cards,Orbitals) 或 Cube=(Cards,Potential)。 参考 GAUSSIAN 手册
这个关键字的含义。

--水晶输入 文件
从 CRYSTAL 加载结构（http://http//www.crystal.unito.it/） 输入文件。

--水晶_f9 文件
从 CRYSTAL 加载结构（http://http//www.crystal.unito.it/) fortran 单元 9。

--wien_struct 文件头|文件|目录
来自 WIEN2k 的加载结构（http://www.wien2k.at/) 结构文件，其中：

文件头 = 结构文件的名称，不带 .struct 延期，
文件 = 文件名，
目录 = 案例目录的名称。

--wien_kpath 目录|结构文件
阅读 结构 文件并使用特殊的 k 点渲染第一个布里渊区。 K-path 可以是
通过鼠标单击特殊 k 点交互选择。 用户必须指定 艾敏
和 EMAX 能量和沿路径的 k 点总数。 这个数字只是
k 点总数的估计，因为 XCrySDen 试图变得非常均匀
沿路径采样 k 点（不指定 WIEN2k 最大允许的 k-
点，因为 XCrySDen 可能会多生成几个点）。

--wien_渲染密度 目录
阅读 结构, 产量及 RHO 文件并渲染晶体结构并预先计算
电荷密度。

--wien_密度 目录
用于电荷密度计算的 2D 或 3D 区域由交互式选择
鼠标点击。 XCrySDen 生成 in5 文件，计算并呈现电荷密度
作为等值线/颜色平面 (2D) 或等值面 (3D)。

--维恩费米表面 目录
弹出创建费米面的任务窗口。 费米数步后
表面（希望）绘制为 3D 等值面。

--fhi_inpini 文件
FHI98MD 的负载结构 配置文件 格式化的文件。

--fhi_坐标 文件
FHI98MD 的负载结构 协调输出 格式化的文件。

--pwi
--pw_inp 文件
加载结构来自 密码 输入 文件中。 密码 是一个赝势平面波程序
Quantum-ESPRESSO 分布（http://www.quantum-espresso.org/).

--pwo
--pw_out 文件
加载结构来自 密码 产量 文件中。 密码 是一个赝势平面波程序
Quantum-ESPRESSO 分布（http://www.quantum-espresso.org/).

-s 脚本
- 脚本 脚本
从包含 Tcl 脚本的文件加载脚本。

使用 onworks.net 服务在线使用 xcrysden