这是名为 fcGENE 的 Windows 应用程序：基因型格式转换器，其最新版本可以下载为 fcgene-1.0.7.zip。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
下载并在线运行这个名为 fcGENE：带有 OnWorks 的基因型格式转换器免费的应用程序。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从本网站启动任何 OS OnWorks 在线模拟器，但更好的 Windows 在线模拟器。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Windows 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序并安装。
- 7. 从您的 Linux 发行版软件存储库下载 Wine。 安装后，您可以双击该应用程序以使用 Wine 运行它们。 您还可以尝试 PlayOnLinux，这是 Wine 上的一个花哨界面，可帮助您安装流行的 Windows 程序和游戏。
Wine 是一种在 Linux 上运行 Windows 软件的方法，但不需要 Windows。 Wine 是一个开源的 Windows 兼容层，可以直接在任何 Linux 桌面上运行 Windows 程序。 本质上，Wine 试图从头开始重新实现足够多的 Windows，以便它可以运行所有这些 Windows 应用程序，而实际上不需要 Windows。
SCREENSHOTS
Ad
fcGENE：基因型格式转换器
商品描述
主要应用有两个：一是将基因型SNP数据转换为不同插补工具的格式，如PLINK MACH、IMPUTE、BEAGLE和BIMBBAM；二是将插补数据转换为不同的文件格式，如PLINK、HAPLOVIEW、EIGENSOFT和SNPTEST。可读文件格式：plink-pedigree（ped 和 map）、plink-raw、plink-dosage、mach、minimac、impute、snptest、beagle 和 bimbam。 同样，也接受各种产出的估算。
fcGENE 可以生成的格式：plink-pedigree、plink-raw、plink-dosage、mach-inputs、minimac-inputs、impute-inputs、beagle-inputs 和 bimbam-inputs、HAPLOVIEW-inputs、EIGENSOFT-inputs。
进一步应用：
- 获取必要的插补命令和其他插补工具命令的模板
- 根据 MAF、HWE 和 CALLRATE 进行质量控制。
关键词：基因型转化，基因型格式转换，插补输出，PLINK，IMPUTE，MACH，minimac，HAPLOVIEW，BEAGLE，BIMBAM，EIGENSOFT。
产品优势
- 可以进行 SNP-wise 和 Individual-wise 质量控制，并可以在转换数据的同时过滤不合格的 SNP 和个体
- 可以进行基因型SNP数据的双向格式转换（如PLINK->插补工具和插补工具->PLINK）。 它可以读写 plink 格式的谱系和二进制文件
- 可以根据插补质量分数过滤插补的 SNP
- 可以生成命令模板 GWA 分析工具
- 将基因型数据从一种插补工具的格式转换为另一种。
- 将插补引用转换为 plink 格式。 这有助于将基因型数据与参考面板进行比较。
- 可以从最初以其他不同格式给出的数据创建 GenABEL 格式的 snp 数据
- 可以生成包含预期剂量的次要等位基因频率的不同格式的文件
- 对从事统计遗传学领域的研究人员非常有帮助。
- 用c++编写，使用STL容器
- 可以读写压缩文件
- 可以使用 --fst 命令计算 FST
- 可以读写标准基因型数据，包括等位基因计数和等位基因剂量
- 可以创建用于 BEAGLE4 的 vcf 格式的文件
程式语言
C + +中
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/fcgene/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
