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aragorn - 检测核苷酸序列中的 tRNA 基因

概要

阿拉贡 [OPTION] ... 文件

配置

-m
搜索 tmRNA 基因。

-t
搜索 tRNA 基因。 默认情况下，所有都被检测到。 如果其中之一 -m or -t 被指定，
那么另一个不会被检测到，除非也有指定。

-公吨
搜索后生动物线粒体 tRNA 基因。 未检测到带有内含子的 tRNA 基因。
-i, -sr 开关被忽略。 使用复合后生动物线粒体遗传密码。

-妈妈
搜索哺乳动物线粒体 tRNA 基因。 -i, -sr 开关被忽略。 -电视 开关
放。 使用哺乳动物线粒体遗传密码。

-mtx
与...一样 -公吨 但没有报道低分的 tRNA 基因。

-mtd
报道了在相反链上重叠的后生动物线粒体 tRNA 基因。

-GC[NUM]
使用 GenBank transl_table = [NUM] 遗传密码。 可以单独修改
附加使用 ,血脑屏障= B = A、C、G 或 T。 是三个字母的代码
氨基酸。 可以指定多个修改。 例如 -gcvert,aga=色氨酸,agg=色氨酸
使用脊椎动物线粒体密码，密码子 AGA 和 AGG 改为
色氨酸。

-gcstd
使用标准遗传密码。

-gcmet
使用复合后生动物线粒体遗传密码。

-gcvert
使用脊椎动物线粒体遗传密码。

-gcinvert
使用无脊椎动物线粒体遗传密码。

-gcyeast
使用酵母线粒体遗传密码。

-gcprot
使用霉菌/原生动物/腔肠动物线粒体遗传密码。

-gcciliate
使用纤毛虫遗传密码。

-gc扁虫
使用棘皮动物/扁虫线粒体遗传密码

-gceplot
使用 Euplotid 遗传密码。

-gcbact
使用细菌/植物叶绿体遗传密码。

-gcal酵母
使用替代酵母遗传密码。

-gcascid
使用海鞘线粒体遗传密码。

-gcaltflat
使用替代扁虫线粒体遗传密码。

-gcblep
使用 Blepharisma 遗传密码。

-氯酚
使用叶绿纲线粒体遗传密码。

-gctrem
使用吸虫线粒体遗传密码。

-gcscen
使用斜栅藻线粒体遗传密码。

-gthraust
使用破囊壶菌线粒体遗传密码。

-电视
不要搜索线粒体 TV 替换环 tRNA 基因。 仅当 -公吨
用过的。

-c7
仅搜索具有 7 个碱基 C 环的 tRNA 基因。

-i
在最大长度为 3000 个碱基的反密码子环中搜索带有内含子的 tRNA 基因。
最小内含子长度为 0 个碱基。 忽略如果 -m 已指定。

-i[最大]
在反密码子环中寻找具有最大长度内含子的 tRNA 基因 [最大] 基地。
最小内含子长度为 0 个碱基。 忽略如果 -m 已指定。

-i[分钟]，[最大]
在反密码子环中寻找具有最大长度内含子的 tRNA 基因 [最大] 基地，
和最小长度 [分钟] 基地。 忽略如果 -m 已指定。

-io
与...一样 -i，但允许具有长内含子的 tRNA 基因与较短的 tRNA 基因重叠。

-如果
与...一样 -i，但在 C-loop 上的位置 37 和 38 之间固定内含子（一个碱基后
反密码子）。

-ifo
与...一样 -如果 和 -io 结合。

-ir
与...一样 -i, 但报告长度最小的 tRNA 基因 [分钟] 基础而不是搜索
对于具有最小长度的 tRNA 基因 [分钟] 基地。 有了这个开关，[分钟] 充当
输出过滤器，搜索的最小内含子长度仍然是 0 个碱基。

-c
假设每个序列都有一个圆形拓扑。 搜索环绕每一端。
默认设置。

-l
假设每个序列都有一个线性拓扑。 搜索不换行。

-d
双倍的。 搜索每个序列的两条链。 默认设置。

-s or -s+
单身的。 不要搜索每个序列的互补（反义）链。

-sc or -s-
单互补。 不要搜索每个序列的有义链。

-ps
将评分阈值降低到默认水平的 95%。

-ps[NUM]
将评分阈值更改为 [NUM] 默认级别的百分比。

-rp
标记可能的假基因（分数 < 100 或 tRNA 反密码子环 <> 7 个碱基长）。 笔记
如果评分阈值是
也未更改为低于 100%（请参阅 -ps 开关）。

-seq
打印出初级序列。

-br
使用圆括号显示 tRNA 基因一级序列的二级结构。

-法斯塔
以 fasta 格式打印出初级序列。

-fo
仅以 fasta 格式打印初级序列（无二级结构）。

-fon
与...一样 -fo, 标头中有序列和基因编号。

-fos
与...一样 -fo, 标题中没有空格。

-字体
与...一样 -fo, 带有序列和基因编号，但没有空格。

-w
以批处理模式打印。

-SS
使用更严格的规范 1-2 bp 间隔器 1 和 1 bp 间隔器 2。 忽略如果 -公吨 设置。
默认是允许 3 bp 间隔物 1 和 0-2 bp 间隔物 2，这可能会降低选择性。

-v
冗长。 将搜索期间的信息打印到 STDERR。

-a
打印出 tmRNA 基因的 tRNA 域。

.A7
将 tRNA astem 长度限制为最多 7 个碱基

-aa
如果预测的同种受体物种与序列中的物种不匹配，则显示消息
名称（如果存在）。

-j
无论预测的氨基-酰基受体如何，在 astem 的 4' 末端显示 3 碱基序列
长度。

-jr
允许 NCCA 的 3' 氨基-酰基受体序列有一些分歧。

-jr4
允许 NCCA 的 3' 氨基-酰基受体序列有一些差异，并显示 4
基地。

-q
不要打印配置行（使用了哪些开关和文件）。

-rn
在摘要信息之前重复序列名称。

-O [输出文件]
打印输出到 . If ['输出文件] 已经存在，它被覆盖。 默认全部
输出到标准输出。

商品描述

aragorn 检测 tRNA、mtRNA 和 tmRNA 基因。 最低要求是至少 32 位
编译器架构（变量类型 int 和 unsigned int 至少有 4 个字节长）。

[文件] 假定包含一个或多个 FASTA 格式的序列。 搜索结果
被打印到标准输出。 所有开关都是可选的且不区分大小写。 除非 -i 是
指定，未检测到包含内含子的 tRNA 基因。

作者

比约恩·坎巴克[电子邮件保护]>, 院长拉斯莱特[电子邮件保护]>

参考文献：

Laslett, D. 和 Canback, B. (2004) ARAGORN，用于检测转移 RNA 的程序
核苷酸序列中的转移信使 RNA 基因核酸研究，32；11-16

Laslett, D. 和 Canback, B. (2008) ARWEN：检测后生动物 tRNA 基因的程序
线粒体核苷酸序列生物信息学， 24（2）; 172-175。

02/24/2013 阿拉贡(1)

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