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panalysis.PLS - 如何访问分析工具的示例/教程脚本

概要

# 在本地文件中使用您的序列运行分析
./panalysis.PLS -n 'edit.seqret'-w -r \
equence_direct_data=@/home/testdata/my.seq

在下面的文本中查看更多示例。

商品描述

展示如何使用“Bio::Tools::Run::Analysis”模块的客户端，该模块用于执行和
控制本地或远程分析工具。 它还从
“Bio::Tools::Run::AnalysisFactory”模块，一个提供可用分析列表的模块。

这个客户端主要是作为一个例子来说明如何使用分析模块，以及
测试它们。 但是，因为它有很多选项可以覆盖尽可能多的方法
可能，它还可以用作功能齐全的命令行客户端来访问
各种分析工具。

定义 地址 和 ACCESS 方法
“panalysis.PLS”独立于远程分析的访问方法（分析
在不同的机器上运行）。 用于与分析通信的方法是
由“-A”选项定义，默认值 肥皂. 其他可能的值（不是
尚未支持，但即将推出）是 汤 和 本地.

对于定义位置的参数“-l”，每种访问方法可能具有不同的含义
提供访问分析工具的服务。 例如， 肥皂 访问需要一个 URL
“-l”选项中的 Web 服务，而 汤 访问可能会在这里找到一个字符串化
可互操作的对象参考 (IOR)。

的默认位置 肥皂 访问是“http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services“ 哪个
代表在欧洲生物信息学研究所运行的服务超过一百
EMBOSS 分析（以及其他一些分析）。

可提供 分析
“panalysis.PLS”可以显示可用分析的列表（从给定的位置使用给定的
访问方法）。 “-L”选项显示所有分析，“-c”选项列出所有可用
类别（类别是具有相似功能或处理的一组分析
类似类型的数据），最后“-C”选项仅显示可用的分析
给定的类别。

请注意，所有这些功能都由模块“Bio::Tools::Run::AnalysisFactory”提供
（分别通过其访问相关的子类之一）。 该模块还具有 工厂
此脚本未使用的方法“create_analysis”。

服务
“服务”是分析工具的更高抽象级别。 它了解一口井
定义的接口（模块“Bio::AnalysisI”，一个允许这个脚本被
独立于各种服务的访问协议。

服务名称必须由“-n”选项给出。 仅当您
仅调用“工厂”方法（如上所述）。

每个服务（代表分析工具、程序或应用程序）都有自己的
描述，可通过使用选项“-a”（分析名称、类型等）、“-i”、“-I”获得
（分析输入数据的规范，最重要的是它们的名字），以及“-o”、“-O”
（结果名称及其类型）。 选项“-d”给出了最详细的描述
XML 格式。

服务描述很好，但最重要的是使用服务进行调用
一个底层的分析工具。 对于每次调用，服务都会创建一个“作业”并将其提供给它
与输入数据。 共有三个阶段：(a) 创建作业，(b) 运行作业，以及 (c) 等待
为它的完成。 相应地。 有三个选项：刚刚创建的“-b”
（构建）一个作业，“-x”创建一个作业并执行它，最后“-w”
创建一个作业，运行它并阻止客户端直到作业完成。 永远只是其中之一
使用这些选项（因此使用更多选项没有意义，“panalysis.PLS”
按“-x”、“-w”和“-b”的顺序优先考虑它们）。

所有这些选项都从命令行获取输入数据（请参阅下一节）和
所有这些都返回（内部）一个代表工作的对象。 有很多方法
（选项）处理作业对象（请参阅有关它们的下一节之后的内容）。

本节的最后一个注意事项：“-b”选项实际上是可选的 - 即使创建了一个作业
当在命令行上找到一些输入数据时，不使用此选项。 你 它们在许多情况下都能提供类似的结果。 至
但是，如果您没有将任何数据传递给分析工具，请使用它（例如
著名的“Classic::HelloWorld”服务）。

输入 data
输入数据以名称/值对的形式给出，放在命令行上，中间有等号
名称和值。 如果 折扣值 部分以未转义的字符“@”开头，用作
本地文件名和“panalysis.PLS”读取文件并使用其内容代替。
例子：

panalysis.PLS -n 编辑.seqret -w -r
sequence_direct_data='tatatctcccc' osformat=embl

分析.PLS ...
sequence_direct_data=@/my/data/my.seq

输入数据的名称来自“输入规范”，可以通过“-i”显示
或“-I”选项。 输入规范（使用选项“-I”时）也显示 - 对于某些
输入 - 允许值的列表。 然而，规范并没有说明什么输入
数据是互斥的，或者有什么其他限制。 如果有冲突，一个
稍后（在作业开始之前）会产生错误消息。

当存在任何选项“-b”、“-x”或“-w”时使用输入数据，但选项
“-j”不存在（请参阅有关此作业选项的下一节）。

工作
每个服务（由“-n”选项中给出的名称定义）可以执行一个或多个
次，使用相同但通常使用不同的输入数据。 每次执行都会创建一个 工作
对象. 实际上，作业甚至在执行之前就已创建（请记住选项“-b”
构建作业但尚未执行）。

任何作业，无论是否执行，都是持久的，以后可以从另一个作业再次使用
调用“panalysis.PLS”脚本。 除非您使用
选项“-z”。

通过选项“-b”、“-x”和“-w”（以及输入数据）创建的作业可以在
使用各种与工作相关的选项相同的“panalysis.PLS”调用，最重要的是
“-r”和“-R”用于从完成的工作中检索结果。

但是，您也可以重新创建由先前调用创建的作业。 假设你
知道作业 ID（当新作业出现时，“panalysis.PLS”总是在标准错误上打印它
创建），使用选项“-j”重新创建作业。

示例：

./panalysis.PLS -n 'edit.seqret'
equence_direct_data=@/home/testdata/my.seq

它打印：

JOB ID: edit.seqret/bb494b:ef55e47c99:-8000

下一次调用（要求运行作业，等待其完成并显示作业状态）
可：

./panalysis.PLS -n 'edit.seqret'
-j edit.seqret/bb494b:ef55e47c99:-800
-w -s

稍后再次调用可以要求结果：

./panalysis.PLS -n 'edit.seqret'
-j edit.seqret/bb494b:ef55e47c99:-800
-r

以下是所有工作选项的列表（结果除外，它们在下一部分）：

作业执行和终止
有相同的选项 "-x" 和 "-w" 用于执行作业和执行它以及
等待它的完成，正如上面所描述的。 但是现在，选项作用于
“-j”选项给出的作业，现在它们不使用来自命令的任何输入数据-
行（创建作业时必须使用输入数据）。

此外，还有一个“-k”选项可以终止正在运行的作业。

工作特点
其他选项说明作业状态（“-s”，关于作业执行时间（“-t”和
“-T”，以及关于最后一个可用事件发生的工作（“-e”）。 注意
事件通知尚未完全实施，因此此选项将在
未来反映更多通知功能。

成果
当然，分析工具中最重要的是它们的结果。 结果是
命名（以与输入数据类似的方式），它们可以使用
选项“-r”（所以你实际上不需要知道他们的名字），或者通过指定（全部或
some) 使用“-R”选项的结果名称。

如果结果不存在（或者不存在，或者名称错误），则 undef 值为
返回（没有产生错误信息）。

有些结果最好直接保存到文件中，而不是在终端中显示
窗口（这适用于 二进制 结果，主要包含图像）。 “分析.PLS”
通过自动将二进制结果保存到本地文件来帮助处理二进制结果（实际上它
是模块“Bio::Tools::Run::Analysis”及其对二进制文件有帮助的子模块
数据）。

那么为什么不使用传统的 shell 重定向到文件呢？ 有两个原因。
首先，一项工作可以产生多个结果，因此它们会混合在一起。 但
主要是因为每个结果可以由几个部分组成，这些部分的数量在
并且不能混合在一个文件中。 再次，这是典型的
返回图像的二进制数据 - 调用可以生成许多图像。

“-r”选项检索所有可用的结果并按照“?”的描述处理它们。
格式如下。

“-R”选项有一个以逗号分隔的结果名称列表，每个名称都可以是
一个简单的名称（如使用“-o”获得的“结果规范”所指定的）
或“-O”选项），或等号分隔的名称/格式结构建议做什么
结果。 可能性是：

结果名称
它在标准输出上打印给定的结果。

结果名称=文件名
它将给定的结果保存到给定的文件中。

结果名称=@
它将给定的结果保存到一个自动命名的文件中，并且
保证在下一次调用中不会使用相同的名称。

结果=名称=@模板
它将给定的结果保存到一个名称由“模板”指定的文件中。 这
模板可以包含几个字符串，在使用它作为
文档名称：

任何 '*'
将被唯一编号替换

$ANALYSIS 或 ${ANALYSIS}
将替换为当前分析名称

$RESULT 或 ${RESULT}
将替换为当前结果名称

如何判断如何处理结果？ 每个结果名称

此外，模板可以作为环境变量给出
“RESULT_FILENAME_TEMPLATE”。 此类变量用于任何具有其格式的结果
一个简单的 ”？” 或“@”字符。

结果名称=？
它首先决定给定的结果是否是二进制的。 然后，二进制结果
保存到自动命名的本地文件中，其他结果
发送到标准输出。

结果名称=？模板
同上，但二进制文件的文件名是从给定的
模板（使用与上述相同的规则）。

例子：

-r
-R 报告
-R 报告，outseq
-R Graphics_in_PNG=@
-R Graphics_in_PNG=@$ANALYSIS-*-$RESULT

请注意，将来会通过使用现有数据类型来丰富结果格式
bioperl 中的解析器。

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您的意见和建议最好发送到 Bioperl 邮件列表。 您的参与
非常感谢。

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http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - 关于邮件列表

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