这是命令 cathparsee,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
您的姓名
cathparse - 从原始 CATH 文件生成 DCF 文件。
概要
解析 -列表文件 入档 -dom文件 入档 -名称文件 入档 -输出文件 输出文件
-日志文件 输出文件
解析 -救命
商品描述
解析 是来自 EMBOSS(“欧洲分子生物学公开赛”)的命令行程序
软件套件”)。 它是“Utils:Database creation”命令组的一部分。
配置
输入 部分
-列表文件 入档
此选项指定原始 CATH 分类文件的名称 (caths.list.vX.X)
(输入)。 可用的原始 CATH 可解析文件(分类和描述文件)
来自 ftp.biochem.ucl.ac.uk (/pub/cathdata/v2.4)。 默认值:caths.list.v2.4
-dom文件 入档
此选项指定原始 CATH 分类文件 (domlist.vX.X)(输入)的名称。
原始 CATH 可解析文件(分类和描述文件)可从
ftp.biochem.ucl.ac.uk (/pub/cathdata/v2.4)。 默认值:domlist.v2.4
-名称文件 入档
此选项指定原始 CATH 分类文件的名称 (CAT.names.all.vX.X)
(输入)。 可用的原始 CATH 可解析文件(分类和描述文件)
来自 ftp.biochem.ucl.ac.uk (/pub/cathdata/v2.4)。 默认值:CAT.names.all.v2.4
输出 部分
-输出文件 输出文件
此选项指定 CATH DCF 文件(域分类文件)(输出)的名称。
“域分类文件”包含来自域的分类和其他数据
SCOP 或 CATH,采用 DCF 格式(类似于 EMBL)。 这些文件是使用 SCOPPARSE 生成的
和 CATHPARSE。 可以通过使用将域序列信息添加到文件中
域。 默认值:Ecath.dat
-日志文件 输出文件
此选项指定 CATHPARSE 日志文件的名称。 默认值:cathparse.log
使用 onworks.net 服务在线使用 cathparsee