cd-hit-2d-para - 云端在线

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cd-hit-2d-para.pl - 将一个大的集群作业分成几部分来运行 cd-hit-2d 或 cd-hit-
est-2d 工作

概要

cd-hit-2d-para.pl 选项

商品描述

这个脚本将一个大的集群作业分成几部分并将作业提交到远程
计算机通过网络使其并行。 所有工作完成后，
脚本合并聚类结果，就像您只运行一个 cd-hit-2d 或
cd-hit-est-2d。

如果您的计算机这样做，您也可以使用它在一台计算机上划分大型作业
没有足够的内存（与 -L 选项）。

要求：
1 通过网络运行此脚本时，您所在的目录

运行脚本，输入文件必须在所有远程主机上可用
相同的路径。

2 如果您选择“ssh”提交作业，您必须拥有

无密码 ssh 到任何远程主机，请参阅 ssh 手册了解如何设置
无密码 ssh。

3 我建议使用排队系统而不是 ssh，

我目前支持 PBS 和 SGE

4 cd-hit-2d cd-hit-est-2d cd-hit-div cd-hit-div.pl 必须是

在此脚本所在的同一目录中。

附加选项

-i fasta 格式的第一个数据库的输入文件名，必需

-i2 fasta 格式的第二个数据库的输入文件名，必需

-o 输出文件名，必填

--P 程序，“cd-hit-2d”或“cd-hit-est-2d”，默认为“cd-hit-2d”

--乙 主机列表的文件名，除非是必需的 -Q or -L 提供选项

--L 本地计算机上的 CPU 数量，当您不在本地计算机上运行时默认为 0
集群，您可以使用此选项将一个大的集群作业分成小块，
我建议你只使用“--L 1”，除非你有足够的内存供每个 CPU 使用

--S 将第一个 db 拆分成的段数，默认为 1

--S2 将第二个 db 拆分成的段数，默认为 2

--问 提交到队列排队系统的作业数，默认为0，程序
使用 ssh 模式提交远程作业

--T 排队系统类型，支持“PBS”、“SGE”，默认PBS

--R 重启文件，在运行崩溃后使用

-h 打印此帮助

可以在命令行中指定更多 cd-hit-2d/cd-hit-est-2d 选项

问题、错误，请联系 Weizhong Li [电子邮件保护]

使用 onworks.net 服务在线使用 cd-hit-2d-para