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cdhit-est - 在 RNA/DNA 序列上运行 CD-HIT 算法

概要

cdhit 测试 [附加选项]

商品描述

====== CD-HIT 4.6 版（构建于 23 年 2016 月 XNUMX 日）======

附加选项

-i fasta 格式的输入文件名，必需

-o 输出文件名，必填

-c 序列标识阈值，默认 0.9 这是默认的 cd-hit 的“全局
序列同一性”计算为：比对中相同氨基酸的数量
除以较短序列的全长

-G 使用全局序列标识，如果设置为 1，则默认为 0，则使用本地序列
同一性，计算为：比对中相同氨基酸的数量除以
对齐的长度注意！！！ 不要使用 -G 0 除非你使用对齐
覆盖控制见选项 -aL, -AL, -作为, -作为

-b 对齐带宽，默认 20

-M 程序的内存限制（以 MB 为单位），默认为 800； 0 为无限；

-T 线程数，默认1； 为 0，将使用所有 CPU

-n word_length，默认为10，选择请看用户指南

-l throw_away_sequences 的长度，默认 10

-d .clstr 文件中的描述长度，默认为 20，如果设置为 0，则采用 fasta
defline 并在第一个空格处停止

-s 长度差截断，默认为 0.0 如果设置为 0.9，较短的序列需要
至少是集群代表的 90% 的长度

-S 氨基酸长度差异截止，默认为 999999 如果设置为 60，长度
较短的序列和聚类的代表之间的差异可以
不大于 60

-aL 较长序列的对齐覆盖率，如果设置为 0.0，则默认为 0.9，
比对必须覆盖 90% 的序列

-AL 较长序列的对齐覆盖控制，如果设置为 99999999，则默认为 60，
并且序列的长度为400，那么比对必须>= 340 (400-60)
残留物

-作为 较短序列的对齐覆盖率，如果设置为 0.0，则默认为 0.9，
比对必须覆盖 90% 的序列

-作为 较短序列的对齐覆盖控制，如果设置为 99999999，则默认为 60，
并且序列的长度为400，那么比对必须>= 340 (400-60)
残留物

-A 两个序列的最小比对覆盖控制，默认 0 比对必须
覆盖 >= 两个序列的这个值

-uL 较长序列的最大不匹配百分比，如果设置为 1.0，则默认为 0.1，
不匹配区域（不包括前后间隙）不得超过 10%
序列的

-我们 较短序列的最大不匹配百分比，如果设置为 1.0，则默认为 0.1，
不匹配区域（不包括前后间隙）不得超过 10%
序列的

-U 最大未匹配长度，默认为 99999999 如果设置为 10，则为未匹配区域
（不包括首尾空格）不得超过 10 个碱基

-B 1 或 0，默认为 0，默认情况下，如果设置为 1，则序列存储在 RAM 中，序列
存储在硬盘上，建议使用 -B 1 用于大型数据库

-p 1 或 0，如果设置为 0，则默认为 1，在 .clstr 文件中打印对齐重叠

-g 1 或 0，默认 0 通过 cd-hit 的默认算法，一个序列被聚类到
第一个满足阈值的集群（快速集群）。 如果设置为 1，程序将
将其聚类到满足阈值的最相似的聚类中（准确但速度较慢
模式）但 1 或 0 不会改变最终集群的代表

-r 1 或 0，默认为 1，如果设置为 0，则默认同时进行 +/+ 和 +/- 对齐，仅 +/+
链对齐

-面具 掩蔽字母（例如 -面具 NX，同时屏蔽“N”和“X”）

-比赛 匹配分数，默认为 2（TU 和 NN 为 1）

-不匹配
失配分数，默认 -2

-差距 差距开局得分，默认 -6

-间隙扩展
差距扩展分数，默认 -1

-巴克 写入备份集群文件（1 或 0，默认为 0）

-h 打印此帮助

问题，错误，请联系 Limin Fu [电子邮件保护], 或李伟中 [电子邮件保护]
有关更新版本和信息，请访问： http://cd-hit.org

cd-hit web 服务器也可以从 http://cd-hit.org

如果您觉得 cd-hit 有用，请引用：

“高度同源序列的聚类以减少大蛋白质的大小
数据库”, Weizhong Li, Lukasz Jaroszewski & Adam Godzik. Bioinformatics, (2001)
17:282-283 "Cd-hit：一个用于聚类和比较大集合的快速程序
蛋白质或核苷酸序列”, Weizhong Li & Adam Godzik. Bioinformatics, (2006)
22：1658-1659

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