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cgview - 圆形基因组查看器

概要

视图 [选项] ...

商品描述

CGView 是一个 Java 包，用于生成高质量、可缩放的圆形基因组图。
它的主要目的是作为序列注释管道的一个组件，作为
生成适合网络的视觉输出的方法。 特征信息和渲染
使用 XML 文件、制表符分隔文件或 NCBI 向程序提供选项
.pt 文件。 CGView 将输入转换为图形地图（PNG、JPG 或可缩放矢量
图形格式），包括标签、标题、图例和脚注。 此外
默认的全视图地图，程序可以生成一系列超链接的地图显示
扩展视图。 可以使用任何网络浏览器浏览链接的地图，从而允许快速
基因组浏览，促进数据共享。 地图中的特征标签可以是
超链接到外部资源，允许 CGView 地图与现有网络集成
网站内容或数据库。

配置

-A 指定标签字体大小。

-c 指定缩放时要居中的基础。

-D 指定图例字体大小。

-d 指定刻度密度，介于 0 和 1.0 之间。 默认值为 1.0。

-E 是否在 SVG 输出中嵌入基于矢量的文本。

-e 是否从图像系列中排除 SVG 输出。

-f 输出格式：PNG、JPG、SVG 或 SVGZ。

-h 要创建的 HTML 文件。

-H 地图的高度。

-i 要解析的输入文件。

-I 是否在主干圈内侧绘制标签。

-L 外部图例的宽度。

-o 要创建的图像文件。

-p 使用创建的 HTML 文件中图像文件的路径 -h 选项。

-r 是否删除图例。

-R 是否去除标签。

-s 接收图像系列的目录。

-S 是否在 HTML 输出中引用外部样式表。

-u 是否在 HTML 输出中引用 overlib.js。

-U 指定序列标尺字体大小。

-W 地图的宽度。

-x 图像系列的逗号分隔缩放值。

-z 要放大的因素。

示例

视图 -f PNG -i 网络单元.xml -o 我的图片.png -h view_image.html

视图 -i 网络单元.xml -s 系列目录 -e true

使用 onworks.net 服务在线使用 cgview