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dcmstack - DICOM 到 NIfTI 转换器

商品描述

用法：dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]

[--dest-dir DEST_DIR] [-o OUTPUT_NAME] [--output-ext OUTPUT_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--voxel-order VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--向量变量 VECTOR_VAR] [--时间顺序 TIME_ORDER] [--向量顺序 VECTOR_ORDER]
[-l] [--disable-translator DISABLE_TRANSLATOR] [--extract-private] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--default-regexes] [-v] [--strict] [--version]
[源目录 [源目录 ...]]

将每个源目录中的 DICOM 文件堆叠到 2D 到 5D 卷中，可选择提取
元数据。

阵地 参数：
源目录
包含 DICOM 文件的源目录。

可选 参数：
-h, - 帮帮我
显示此帮助信息并退出

输入 opţiuni:
--强制读取
尝试将所有文​​件作为 DICOM 读取，即使它们缺少序言。

--文件扩展名 文件_EXT
仅尝试读取具有给定扩展名的文件。 默认值：.dcm

--allow-假人
允许缺少像素数据的 DICOM 文件，填充输出的那个切片
nifti 具有最大可表示值。

输出 opţiuni:
--目标目录 目标目录
目标目录，默认为源目录。

-o OUTPUT_NAME， --输出名称 输出名称
基于 DICOM 标签确定输出文件名的 Python 格式字符串。

--输出-ext 输出_EXT
输出文件类型的扩展名。 默认：.nii.gz

-d, --转储元
将提取的元数据转储到具有相同基本名称的 JSON 文件中
生成 Nifti

--嵌入元
将提取的元数据嵌入 Nifti 头扩展（JSON 格式）。

堆叠 选项：
-g 通过...分组， - 通过...分组 通过...分组
逗号分隔的元数据键列表，用于将输入文件分组到堆栈中。

--体素顺序 体素_顺序
对体素进行排序，以便空间索引从患者的这些方向开始
空间。 患者空间中的指示应以三字符代码的形式给出：
(l) 后，(r) 右，(a) 内，(p) 后，(s) 上，(i) 下。 路过一个空
字符串将禁用重定向。 默认值：LAS

-t TIME_VAR， --时间变量 TIME_VAR
用于沿时间维度对堆栈进行排序的 DICOM 元素关键字。

--向量变量 矢量变量
用于沿向量维度对堆栈进行排序的 DICOM 元素关键字。

- 时间顺序 时间顺序
提供具有所需顺序的文本文件（每行一个）
用作时间变量的属性。 很少需要此选项。

--矢量顺序 VECTOR_ORDER 订单
提供具有所需顺序的文本文件（每行一个）
用作向量变量的属性。 很少需要此选项。

元 萃取 和 过滤 选项：
-l, --列表翻译者
列出启用的翻译器并退出

--禁用翻译器 DISABLE_翻译器
禁用提供的标签的翻译器。 标签应以格式给出
“0x0_0x0”。 可以在逗号分隔列表中给出多个。 如果“所有”这个词
提供，所有翻译器将被禁用。

--extract-私有
从私有元素中提取元数据，即使没有翻译器。 如果
元素的值包含非 ascii 字节，它仍将被忽略。 这
提取的元数据仍可能被正则表达式过滤掉。

-i 包括_正则表达式， --include-正则表达式 包含_REGEX
包括键与提供的正则表达式匹配的任何元数据。 这个
将覆盖任何排除表达式。 适用于所有元数据。

-e EXCLUDE_REGEX， --排除-正则表达式 排除_正则表达式
排除键与提供的正则表达式匹配的任何元数据。 这个
将补充默认的排除表达式。 适用于所有元数据。

--default-regexs
打印默认包含和排除正则表达式的列表并退出。

一般用途总体评估 选项：
-v, --详细
打印附加信息。

- 严格的
在第一个异常时失败而不是显示警告。

- 版
显示版本并退出。

您有责任了解元数据中是否包含私人健康信息
由本程序提取。

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