这是可以在 OnWorks 免费托管服务提供商中使用我们的多个免费在线工作站之一运行的命令 dssp，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
mkdssp - 计算 PDB 文件中蛋白质的二级结构
概要
mkdsp [选项] pdbfile [dsspfile]
商品描述
这款 mkdsp 程序最初是由 Wolfgang Kabsch 和 Chris Sander 设计的
标准化二级结构分配。 DSSP是二级结构数据库
蛋白质数据库 (PDB) 中所有蛋白质条目的分配（以及更多）和
mkdsp 是根据 PDB 条目计算 DSSP 条目的应用程序。 请注意
这 mkdsp 不 而不去 预测 二级结构。
配置
如果你调用 mkdsp 只有一个参数，它将被解释为 PDB 文件
过程和输出将被发送到标准输出。 如果指定了第二个参数，则为
解释为要创建的 DSSP 文件的名称。 输入和输出文件
名称可以使用 .gz 或 .bz2 作为扩展名，从而实现正确的压缩。
-i, - 输入 文件名
一个文件名 PDB 包含蛋白质结构数据的格式化文件。 这个
file 可以是 gzip 或 bzip2 压缩的文件。
-o, - 输出 文件名
一个文件名 DSSP 要创建的文件。 如果文件名以 .gz 或 .bz2 结尾
创建压缩文件。
-v, --详细
写出诊断信息。
- 版
打印版本号并退出。
-h, - 帮帮我
打印帮助信息并退出。 包含解析器脚本的目录
太太。
理论
DSSP 程序的工作原理是计算给定的最可能的二级结构分配
蛋白质的 3D 结构。 它通过读取原子在一个
蛋白质（PDB 文件中的 ATOM 记录），然后计算 H 键能量
在所有原子之间。 然后使用每个原子最好的两个 H 键来确定最
蛋白质中每个残基的可能二级结构类别。
这意味着您确实需要具有完整且有效的 3D 结构才能使蛋白质能够
计算二级结构。 DSSP 中没有魔法，因此例如它无法猜测
没有 3D 结构的突变蛋白质的二级结构。
DSSP 文件 FORMAT
每个 DSSP 文件的头部分都是自我解释的，它包含一些信息
从 PDB 文件复制过来的，在计算时收集了一些统计信息
二级结构。
文件的后半部分包含每个计算的二级结构信息
残留物。 以下是对每一列的简要说明。
柱 姓名 描述
────────────────────────────────────────────────────── ────────────────────────────────────────────
# mkdssp 统计的残基数
RESIDUE PDB 文件指定的残基数
后跟一个链标识符。
AA 氨基酸的一个字母代码。 如果这
字母是小写，这意味着这是一个
与半胱氨酸形成硫桥
此列中的其他氨基酸与
小写字母。
STRUCTURE 这是一个复杂的列，包含多个子
列。 第一列包含一个字母
指示分配给的二级结构
这个残渣。 有效值为：
代码 描述
H 阿尔法螺旋
B Beta 桥
埃斯特兰德
G螺旋-3
我螺旋-5
T转
S弯
以下是三列表示
三种螺旋类型（3、4 和 5）中的每一种
该残基是否是形成的候选者
这个螺旋。 一种 > 字符表示它开始一个
螺旋，一个数字表示它在这样的一个内部
螺旋线和 < 字符意味着它结束了螺旋。
下一列包含一个 S 字符，如果这
残留物是一个可能的弯曲。
然后有一列表示手性
这可以是正面的也可以是负面的
（即阿尔法扭转是正的或
消极的）。
最后两列包含 beta 桥标签。
这里的小写表示平行桥接，因此
大写表示反平行。
BP1 和 BP2 第一个和第二个桥对候选，这个
后跟一个表示工作表的字母。
ACC 这个残基的可及性，这是
表面积以平方埃表示
可以通过水分子访问。
NH-->O..O-->HN 四列，它们为每个残基给出
与另一个残基的氢键能，其中
当前残基是受体或供体。
每列包含两个数字，第一个是
从当前残差到
该 H 键中的伙伴残基（在 DSSP 中
编号），第二个数字是计算出来的
这个氢键的能量。
TCO 的 C=O 之间夹角的余弦
当前残基和先前残基的 C=O。 为了
α-螺旋，TCO 接近 +1，对于β-折叠
TCO 接近 -1。 不用于结构
定义。
Kappa 虚拟键角（弯曲角）定义为
残基电流的三个 C-α 原子
- 2，current和current+2。用于定义
弯曲（结构代码“S”）。
PHI 和 PSI IUPAC 肽骨架扭转角。
X-CA、Y-CA 和 Z-CA C-alpha 坐标
历史
最初的 DSSP 应用程序是由 Wolfgang Kabsch 和 Chris Sander 在 Pascal 中编写的。
此版本是在原始源代码的基础上用 C++ 完全重写。 一些错误
从那以后就被修复了，算法也在这里和那里进行了调整。
ALL
代码迫切需要更新。 首先需要实施的是
改进了对 pi 螺旋的识别。 第二个改进是使用角度相关
氢键能量计算。
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