这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一(例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器)在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 efetch
程序:
您的姓名
efetch - 从序列数据库中检索条目。
概要
电子取物 -选项 [数据库:]
商品描述
在 90 年代后期,efetch 是一种非常流行的工具,可以极快地从中检索条目
最常见的公共生物信息学序列和基序数据库。
资料库
SWissprot/SP、PIR、WOrmpep/WP、EMbl、GEnbank/GB、ProDom、ProSite
选项:
-a 用登录号搜索
-f Fasta 格式输出
-q 仅序列输出(一行)
-s <#> 从位置 # 开始
-e <#> 停在位置#
-o 更多选项和信息...
-D 指定数据库目录
-H 显示索引头数据
-p 在搜索路径中显示条目名称
-r 以“原始”格式打印序列
-m 从混合迷你数据库中获取
-M 迷你格式输出
-b 不要颠倒字节顺序(SunOS、IRIX 颠倒,Alpha 不颠倒)
-d 指定数据库文件(避免这个)
-i 指定索引文件(避免这个)
-l 指定除法查找表(避免这种情况)
-B 指定数据库(过时)
-A 仅返回登录号的条目名称
-n 给序列这个名字
-x 不需要查询以完全匹配条目的名称(避免)
-w 对于 Wormpep:还获取交叉引用的 SwissProt 条目
-h 显示此帮助文本
环境
SWDIR = SwissProt 目录 - 数据库和 EMBL 索引文件 PIRDIR = PIR
-- " -- WORMDIR = Wormep -- " -- EMBDIR = EMBL -- " -- GBDIR =
基因库 -- " -- PRODOMDIR = ProDom -- " -- PROSITEDIR = ProSite -- " -- 数据库目录
= 用户自己的 -- " -- (fasta 格式)
SEQDB 数据库文件(默认 SwissProt)
SEQDBIDX 索引文件 DIVTABL 除法查找表
前任。 setenv DBDIR /pubseq/seqlibs/embl/
请注意,PD 可以获取 Prodom 家族共识序列:_#
使用 onworks.net 服务在线使用 efetch