这是 est2genomee 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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est2genome - 将 EST 序列与基因组 DNA 序列对齐
概要
est2基因组 -est序列 后继 -基因组序列 序列 [-比赛 整数]
[-不匹配 整数[-差距 整数[- 内罚 整数]
[-拼接惩罚 整数[-最小分数 整数] -逆转 布尔
-使用拼接 布尔 -模式 名单 -最好 布尔 -空间 浮动 -随机播放 整数
-种子 整数 -输出文件 输出文件 -对齐 布尔 -宽度 整数
est2基因组 -救命
商品描述
est2基因组 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学公开赛”）的命令行程序
软件套件”）。 它是“Alignment:Global”命令组的一部分。
配置
输入 部分
-est序列 后继
-基因组序列 序列
额外 部分
-比赛 整数
默认值：1
-不匹配 整数
默认值：1
-差距 整数
删除任一序列中单个碱基的成本，不包括内含子 默认值：2
- 内罚 整数
内含子的成本，与长度无关。 默认值：40
-拼接惩罚 整数
内含子的成本，与供体-受体位点的长度和开始/结束无关
默认值：20
-最小分数 整数
排除分数低于此阈值分数的对齐方式。 默认值：30
先进的 部分
-逆转 布尔
反转 EST 序列的方向
-使用拼接 布尔
使用供体和受体剪接位点。 如果您想忽略供体-受体站点，则
将此设置为假。 默认值：是
-模式 名单
这决定了比较模式。 默认值为 'both'，在这种情况下两者
假设正向基因方向（即 GT/AG 剪接）比较 est 的链
位点），并假设反向 (CT/AC) 基因剪接重新进行最佳比较
方向。 其他允许的模式是“前向”，当只有前向链是
搜索和“反向”，同样寻找反向链。 默认值：两者
-最好 布尔
您可以通过将其设置为
错误的。 默认值：是
-空间 浮动
对于线性空间递归。 如果序列长度除以 4 的乘积超过这个
然后使用分而治之的策略来控制内存需求。 在这
很长的序列可以对齐的方式。 如果你有一台内存充足的机器
你可以提高这个参数（但不要超过机器的物理内存） 默认
值：10.0
-随机播放 整数
-种子 整数
默认值：20825
输出 部分
-输出文件 输出文件
-对齐 布尔
显示对齐。 比对包括每个内含子的前5个碱基和后XNUMX个碱基，
连同内含子宽度。 拼接方向用角度表示
括号（向前或向后）或 ???? （未知）。
-宽度 整数
默认值：50
使用 onworks.net 服务在线使用 est2genomee
