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fasta_formatter - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 fasta_formatter

这是命令 fasta_formatter,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

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fasta_formatter - 更改 FASTA 文件中序列行的宽度

商品描述


用法:fasta_formatter [-h] [-i INFILE] [-o OUTFILE] [-w N] [-t] [-e] FASTX 的一部分
工具包 0.0.14 由 [电子邮件保护]

[-h] = 这个有用的帮助屏幕。

[-i 文件]
= FASTA/Q 输入文件。 默认为标准输入。

[-o OUTFILE] = FASTA/Q 输出文件。 默认为标准输出。 [-w N] = 最大值
输出 FASTA 文件的序列行宽。

当零(默认值)时,序列行将不会被换行 - 所有核苷酸
每个序列将出现在一行上(适合脚本编写)。

[-t] = 输出表格格式(而不是 FASTA 格式)。

序列标识符将在第一列,核苷酸将出现在第二列
列(作为单行)。

[-e] = 输出空序列(默认是丢弃它们)。

空序列是那些只有序列标识符但没有实际的序列
核苷酸。

输入 示例:
>我的ID AAAAAGGGGG CCCCCTTTTT AGCTN

输出 例子 - 不限量的 线 宽度 [-w 0]:
>我的ID AAAAAGGGGGCCCCCTTTTTAGCTN

输出 例子 - 最大限度。 线 宽度= 7 [-w 7]:
>我的ID AAAAAGG GGGTTTT TCCCCCA GCTN

输出 例子 - 表格 产量 [-t]:
我的 ID AAAAAGGGGGCCCCCTTTTAGCTN

空序列示例:(除非使用 [-e],否则将被丢弃)

>REGULAR-SEQUENCE-1 AAAGGGTTTCCC >空序 >REGULAR-SEQUENCE-2
AAGTAGTAGTAGTAGTGTATTTTATAT

使用 onworks.net 服务在线使用 fasta_formatter


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