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fastaq - FASTA 和 FASTQ 文件操作工具

概要

法塔克 [选项]

说明0nf

要获得命令使用的最少使用：fastaq 命令

要获得命令的完整帮助，请使用以下命令之一：fastaq 命令 -h fastaq 命令 - 帮帮我

可用命令：

add_indels 在给定位置删除或插入碱基 caf_to_fastq
将 CAF 文件转换为 FASTQ 格式毛细管_to_pairs 转换毛细管文件
读取成对和不成对的文件分块器将序列分成相等的
大小块 count_sequences 计算输入文件解交错中的序列
将交错的配对文件拆分为两个单独的文件 enumerate_names 重命名
文件中的序列，称它们为 1,2,3... 等 expand_nucleotides 使每个
简并核苷酸的组合 fasta_to_fastq 将 FASTA 和 .qual 转换为
FASTQ 过滤器 过滤序列以获取其中的一个子集 get_ids
获取每个序列的ID get_seq_flanking_gaps 获取序列侧翼间隙
interleave 交错两个文件，输出在 fwd/rev 读取之间交替
make_random_contigs 生成随机序列的 contigs 合并转换
多序列文件到单个序列 replace_bases 替换所有出现的
一个字母与另一个 reverse_complement 反向补全所有序列
scaffolds_to_contigs 从脚手架 search_for_seq 文件创建重叠群文件
查找与字符串（及其反向补码）的所有完全匹配项 sequence_trim
在每个序列 sort_by_size 的开头修剪给定字符串的精确匹配
按长度顺序对序列进行排序 split_by_base_count 将多序列文件拆分为
单独的文件 strip_illumina_suffix Strips /1 or /2 在每个读取名称的末尾
to_boulderio 转换为 Boulder-IO 格式，由primer3 to_fake_qual 使用
制作假质量分数文件 to_fasta 转换多种输入格式
到格式良好的 FASTA 格式 to_mira_xml 从一个文件创建一个 xml 文件
读取，用于 Mira 汇编器 to_orfs_gff 写入打开的 GFF 文件
阅读框架 to_perfect_reads 从参考文献中获得完美的配对读数
to_random_subset 制作序列的随机样本（也可以选择配对）
to_tiling_bam 制作一个 BAM 文件，读取均匀分布在输入中
引用 to_unique_by_id 根据名称删除重复序列。 保持
最长的 seqs translate 翻译输入核苷酸序列中的所有序列
trim_Ns_at_end 在所有序列的开始/结束处修剪所有 Ns trim_contigs
从每个重叠群的末端修剪一定数量的碱基。trim_ends Trim fixed
每个序列版本开始和/或结束的碱基数 打印版本
号码和退出

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