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fastx_quality_stats - 云端在线

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fastx_quality_stats - FASTX 统计

商品描述


用法:fastx_quality_stats [-h] [-N] [-i INFILE] [-o OUTFILE] FASTX Toolkit 0.0.14 的一部分
由 A. 戈登 ([email protected])

[-h] = 这个有用的帮助屏幕。 [-i INFILE] = FASTQ 输入文件。 默认是
标准输入。 [-o OUTFILE] = 文本输出文件。 默认为标准输出。 [-N] = 新
输出格式(每个核苷酸/周期有更多信息)。

这个 *老的* 产量 文字 文件 它们在许多情况下都能提供类似的结果。 这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 以下 领域 (一 柱子):
column = 列号(1 到 36 为 36 周期读取 solexa 文件)

count = 在此列中找到的碱基数。

min = 在此列中找到的最低质量得分值。

max = 在此列中找到的最高质量得分值。

sum = 此列的质量得分值的总和。

mean = 此列的平均质量分值。

Q1 = 第 1 个四分位数质量得分。

med = 中位数质量得分。

Q3 = 第三四分位数质量得分。

IQR = 四分位距 (Q3-Q1)。

lW = 'Left-Whisker' 值(用于箱线图)。

rW = 'Right-Whisker' 值(用于箱线图)。

A_Count = 在此列中找到的“A”核苷酸的计数。 C_Count = 'C' 的计数
在该列中发现的核苷酸。 G_Count = 在此发现的“G”核苷酸计数
柱子。 T_Count = 在此列中找到的“T”核苷酸的计数。 N_Count = 计数
在此列中发现的“N”个核苷酸。 最大计数 = 最大值碱基数(共
循环)

这个 *新* 产量 格式:
循环(以前称为“列”)= 循环数最大计数对于中的每个核苷酸
循环(ALL/A/C/G/T/N):

count = 在此列中找到的碱基数。

min = 在此列中找到的最低质量得分值。

max = 在此列中找到的最高质量得分值。

sum = 此列的质量得分值的总和。

mean = 此列的平均质量分值。

Q1 = 第 1 个四分位数质量得分。

med = 中位数质量得分。

Q3 = 第三四分位数质量得分。

IQR = 四分位距 (Q3-Q1)。

lW = 'Left-Whisker' 值(用于箱线图)。

rW = 'Right-Whisker' 值(用于箱线图)。

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