gbrowse_import_ucsc_db - 云端在线

这是 gbrowse_import_ucsc_db 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

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browse_import_ucsc_db - 创建框架数据源

商品描述


这为 UCSC Genome 已知的基因组之一创建了框架数据源
浏览器。 然后就可以修改数据源配置文件,添加自己的数据等等
向前。 提供 UCSC 基因组构建的名称和可选的描述以显示在
G浏览。

首先,通过转到找到所需的数据源 http://genome.ucsc.edu/cgi-
bin/hgGateway 并使用“进化枝”和“基因组”菜单导航到所需的物种
并建立编号。 您将在导航下方的蓝色框中找到数据源名称
控件。 寻找这样的东西:

D. melanogaster Genome Browser – dm3 组装(序列)

数据源名称出现在单词“assembly”之前,在本例中为“dm3”。

用法


[选项] [ ]

配置


要获取 UCSC 识别的所有来源的列表,请键入:

browser_import_ucsc_db --列表

选项:
--remove-chr 从所有染色体名称中删除“chr”前缀
--list 列出数据源


示例:$0 hg19 '人类基因组 (hg19)'

使用 onworks.net 服务在线使用 gbrowse_import_ucsc_db



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