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gmap_build - 为 GMAP 或 GS​​NAP 创建基因组数据库的工具

概要

gmap_build [选项...] -d

商品描述

gmap_build：为 GMAP 或 GS​​NAP 使用的基因组构建 gmap 数据库。 GMAP 的一部分
包，版本 2015-12-31。

使用程序 gmap_setup 的简化替代方案，它创建了一个 Makefile。

配置

-D, --目录=STRING
安装目标目录（默认为 gmapdb 指定的目录）
配置时间）

-d, - D b=STRING
基因组名称

-n, --名称=STRING
染色体的替代名称，在文件中提供。 该文件应该有一个
要更改的每个染色体名称的行，列中为原始 FASTA 名称
1 和第 2 列中所需的染色体名称。这提供了一种简单的方法来更改
染色体的名称，例如，添加或删除“chr”前缀。 第 2 栏
可能为空，表示未更改名称。 该文件也可以与
- 种类=名称 为基因组索引中的染色体提供特定顺序。

-M, --mdflag=STRING
使用来自 NCBI 的 MD 文件将重叠群映射到染色体坐标

-C, --重叠群被映射
在每个 FASTA 标题行中找到一个染色体区域。 对具有的重叠群有用
被映射到染色体坐标。 忽略如果 --mdflag 提供。

-z, - 压缩=STRING
使用给定的压缩类型（以逗号分隔；默认为 bitpack64） bitpack64 -
针对具有 SIMD 指令（推荐）的现代计算机进行了优化 - 创建
所有可用的压缩类型，目前 bitpack64 none - 不压缩偏移
文件（我相信这不再受支持）

-k, --克默=INT
基因组索引的 k-mer 值（允许：15 或更少，默认为 15）

-q 基因组的 INT 采样间隔（允许：1-3，默认 3）

-s, - 种类=STRING
使用给定方法对染色体进行排序：无 - 使用 FASTA 中发现的染色体
file(s) alpha - 按字母顺序对染色体进行排序（chr10 在 chr 1 之前） numeric-alpha
- chr1，chr1U，chr2，chrM，chrU，chrX，chrY 铬 - chr1，chr2，chrM，chrX，chrY，
chr1U, chrU 名称 - 根据提供给的文件对染色体进行排序 --名称 旗

-g, --gunzip
文件是 gzip 压缩的，所以需要先对每个文件进行 gunzip

-E, --fasta-管道=STRING
将参数解释为命令，而不是 FASTA 文件列表

-w INT 每一步后等待（睡眠）多少秒（默认为 2）

-c, - 圆=STRING
环状染色体（用逗号分隔的染色体列表，或
包含圆形染色体的文件名，每行一个）。 如果您使用 --名称
特征，那么你应该使用染色体的原始名称，而不是
替代名称，用于此选项。

-e, --nmmessages=INT
要报告的最大消息数（警告、重叠群报告）（默认 50）

--构建-sarray=INT
是否构建后缀数组：0=no，1=yes（默认）

过时的 opţiuni:
-T STRING
临时构建目录（可能需要指定您的空间是否不足
当前目录）这不再是必要的，因为 gmap_build 现在构建
直接在目的地（或 -D） 目录。

GMAP套件的其他工具位于/usr/lib/gmap

使用 onworks.net 服务在线使用 gmap_build