gmod_bulk_load_pubmed.plp - 云端在线

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gmod_bulk_load_pubmed.pl - 在数据库中存储已发布的条目

商品描述

用法：perl gmod_bulk_load_pubmed.pl -H [dbhost] -D [dbname] [-vt] -i 文件

参数

-H 数据库主机名

-D 数据库名称

-i 输入文件 [必需]

-v 详细输出

-t 试用模式。 根本不执行任何存储操作。

-g GMOD 数据库配置文件名称（可以提供主机和数据库名称）默认值：'default'

If 而不去 运用 a 通用模块 数据库 轮廓 （选项 -G） 然后 必须 提供 此 以下
参数
-u 用户名

-d 数据库驱动程序名称（即 postgres 的“Pg”）

-p 你用户连接数据库的密码

该脚本将发布的条目存储在数据库中。 现有的将被忽略。 输入文件
应包含已发布 ID 的列表。 然后是一个新的 Publication 对象
(Bio::Chado::Schema::Pub::Pub) with accession= PMID，获取发布规范
来自 Entrez（使用 eUtils），它设置了 Publication 对象中的不同字段。 什么时候
存储发布，首先存储一个新的 dbxref（参见 Chado 通用模块）

本篇 脚本 合作 - 茶道 架构 和 访问 此 以下 表格：
酒馆
出版商
公有
数据库引用
pub_dbxref

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