gmod_load_cvterms.plp - 云端在线

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load_cvterms.pl - 比较文件中哪些术语与数据库相比是新的
插入它们

概要

用法：perl load_cvterms.pl -H dbhost -D dbname [-vdntuFo] 文件

参数

-g GMOD 数据库配置文件名称（可以提供主机、数据库名称、密码、用户名和
驱动程序）默认值：'默认'

-s 用于链接的数据库名称（必须在 db 表中，例如 GO ）

-n 受控词汇名称（例如'biological_process'）。 可选的。 如果不给，
将处理与数据库名称相关的所有命名空间的术语。

-F 文件格式。 可以是 obo 或 go_flat 以及 Bio::OntologyIO 支持的其他类型。
默认值：obo

-u 更新所有条款。 如果没有 -u，数据库中的术语将不会更新为
文件的内容，在定义等方面。新术语仍将是
补充说。

-v 详细输出

-o outfile 用于写入错误和详细消息（可选）

-t 试用模式。 根本不执行任何存储操作。 （试用模式无法测试
为新术语插入相关数据）

如果不使用 GMOD 配置文件，则需要以下选项

-H 数据库主机名 [如果不使用 -p 则需要]

-D 数据库名称 [如果不使用 -p 则为必填项]

-p 密码（如果您需要提供密码才能连接到您的数据库）

-r 用户名（如果您需要提供用户名来连接到您的数据库）

-d 驱动程序名称（例如 postgres 的“Pg”）。 驱动程序名称可以在 gmod_config 中提供

脚本解析文件中的本体和数据库中对应的本体，
如果存在。 它比较文件中的哪些术语与数据库相比是新的
插入它们，并比较所有新的关系并插入它们。 它删除
未在数据库文件中指定的关系。 它永远不会删除
来自数据库的术语条目。

此脚本适用于 Chado 模式（请参阅 gmod.org）并访问以下表格：

db
数据库引用
cv
术语
cvterm_关系
cvterm同义词
cvterm_dbxref
CVTermprop

在数据库中但不在文件中的术语设置为 is_obsolete=1。 一切
数据库中存在的术语被更新（如果使用 -u 选项）以反映
文件中的术语定义。 文件中但不在文件中的新术语
数据库被存储。 以下数据与每个术语插入/更新相关联：

术语名称
术语定义
与其他术语的关系
同义词
次要 ID
定义 dbxrefs
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