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gmx-analyze - 分析数据集

概要

gmx 分析 [-f [<.xvg>][-交流 [<.xvg>][-MSD [<.xvg>][-cc [<.xvg>]]
[-距离 [<.xvg>][-的 [<.xvg>][-ee [<.xvg>]]
[-球 [<.xvg>][- 合身 [<.xvg>][-g [<.log>][-[现在]
[-xvg [-[没时间[-b [-e ]
[-n [-[点头[-体重 [-错误栏 ]
[-[没有]整合[-aver_start [-[没有]xydy]
[-[无]回归[-[不]luzar[温度 ]
[-健身开始 [-朋友 [-过滤 ]
[-[没有]权力[-[否] 亚视[-[没有]oneacf[-acflen ]
[-[无]标准化[-P [-fitfn ]
[-开始适应 [-末端 ]

商品描述

GMX 分析 读取 ASCII 文件并分析数据集。 输入文件中的一行可能
以时间开始（见选项 -时间) 和任意数量的 y-值可能会跟随。 多套
当它们被 & 分隔时也可以被读取（选项 -n); 在这种情况下只有一个 y-值
从每一行读取。 跳过所有以# 和@ 开头的行。 所有分析都可以
也可以对集合的导数进行（选项 -d).

所有选项，除了 -的 和 功率，假设点在时间上等距。

GMX 分析 始终显示每组的平均值和标准偏差，以及
第三和第四累积量与高斯分布的相对偏差
具有相同的标准偏差。

附加选项 -交流 产生自相关函数。 确保时间间隔
数据点之间的时间比自相关的时间尺度短得多。

附加选项 -cc 用 i/2 周期的余弦绘制集合 i 的相似性。 公式为：

2（y(t) cos(i pi t) dt 的0 到T 的积分）/ y^2(t) dt 的0 到T 的积分

这对于从协方差分析中获得的主成分很有用，因为
随机扩散的主要成分是纯余弦。

附加选项 -MSD 产生均方位移。

附加选项 -距离 生成分布图。

附加选项 -的 产生集合的平均值。 可以使用选项添加误差线
-错误栏. 误差条可以代表标准偏差、误差（假设
点是独立的）或包含 90% 点的区间，通过丢弃 5%
顶部和底部的点。

附加选项 -ee 使用块平均产生误差估计。 一组被分成一个数
为每个块计算块和平均值。 总平均值的误差为
从 m 个块 B_i 的平均值之间的方差计算如下：error^2 =
总和 (B_i - )^2 / (m*(m-1))。 这些误差被绘制为块大小的函数。
还绘制了分析块平均曲线，假设自相关是
两个指数的和。 块平均值的分析曲线为：

f(t) = sigma``*``sqrt(2/T ( alpha (tau_1 ((exp(-t/tau_1) - 1) tau_1/t + 1)) +
(1-alpha) (tau_2 ((exp(-t/tau_2) - 1) tau_2/t + 1)))),

其中 T 是总时间。 alpha、tau_1 和 tau_2 是通过将 f^2(t) 拟合到
错误^2。 当实际块平均值非常接近解析曲线时，误差
是 sigma``*``sqrt(2/T (a tau_1 + (1-a) tau_2))。 完整的推导在 B 中给出。
赫斯，J. 化学。 物理116:209-217, 2002。

附加选项 -球 从氢键中找出并减去超快“弹道”成分
通过拟合指数和的自相关函数，如 O 中所述。
马尔科维奇，J. Chem。 物理129:084505, 2008. 最快的一项是拥有最多的一项
指数中的负系数，或 -d，负时间最多的那个
时间为 0 的导数。 -nbalexp 设置要拟合的指数数。

附加选项 -宝石 将双分子速率常数 ka 和 kb（以及可选的 kD）拟合到氢
根据可逆双生重组模型的键自相关函数。
强烈建议首先去除弹道成分。 该模型在 O.
马尔科维奇，J. Chem。 物理129:084505, 2008。

附加选项 -过滤 打印每组和所有组的 RMS 高频波动
关于过滤平均值。 滤波器与 cos(pi t/len) 成正比，其中 t
从 -len/2 到 len/2。 len 随选项一起提供 -过滤. 该过滤器减少
周期为 len/2 和 len 的振荡系数分别为 0.79 和 0.33。

附加选项 -g 将数据拟合到选项给出的函数 -fitfn.

附加选项 功率 将数据拟合到 bt^a，这是通过拟合到 at + b on
对数刻度。 第一个零之后或带有负值的所有点都将被忽略。

附加选项 -卢扎尔 对输出执行 Luzar & Chandler 动力学分析 GMX 邦德。 该
输入文件可以直接从 GMX 邦德 -交流，那么同样的结果应该是
生产的。

附加选项 -fitfn 对许多不同的曲线进行曲线拟合，这些曲线在
分子动力学的背景，主要是指数曲线。 更多信息在
手动的。 要检查拟合程序的输出，选项 - 合身 将打印两者
原始数据和拟合函数到一个新的数据文件。 拟合参数为
作为注释存储在输出文件中。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.xvg>] （图.xvg）
xvgr/xmgr 文件

指定输出文件的选项：

-交流 [<.xvg>] （自动校正.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-MSD [<.xvg>] (msd.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-cc [<.xvg>] (coscont.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-距离 [<.xvg>] (发行版.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-的 [<.xvg>] （平均值.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-ee [<.xvg>] （错误.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-球 [<.xvg>] (ballisitc.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

- 合身 [<.xvg>] （适合.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-g [<.log>] (fitlog.log) （可选）
日志文件

其他选项：

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-[没时间 （是）
期望输入中的时间

-b （-1）
第一次从集合中读取

-e （-1）
最后一次从集合中读取

-n (1)
读取这个用 & 分隔的集数

-[点头 （否）
使用导数

-体重 (0.1)
分布的 Binwidth

-错误栏 （无）
误差线为 -的：无，标准差，错误，90

-[没有]整合 （否）
使用梯形规则对数据函数进行数值积分

-aver_start (0)
从这里开始平均积分

-[没有]xydy （否）
将第二个数据集解释为 y 值中的误差以进行积分

-[无]回归 （否）
对数据进行线性回归分析。 如果 -xydy 设置第二套将
被解释为 Y 值中的误差线。 否则，如果多个数据集
存在一个多元线性回归将执行产生常数A
最小化 chi^2 = (y - A_0 x_0 - A_1 x_1 - ... - A_N x_N)^2 现在 Y 是第一个
输入文件中的数据集和 x_i 其他文件。 请阅读以下信息
选项 -时间.

-[不]luzar （否）
对相关函数和相关函数进行 Luzar 和 Chandler 分析
by GMX 邦德. 当另外 -xydy 标志被赋予第二和第四列
将被解释为 c(t) 和 n(t) 中的错误。

温度 (298.15)
Luzar 氢键动力学分析的温度 (K)

-健身开始 (1)
开始拟合相关函数以获得的时间 (ps)
HB 断裂和形成的前向和后向速率常数

-朋友 (60)
停止拟合相关函数以获得相关函数的时间 (ps)
HB 断裂和形成的前向和后向速率常数。 只有 -宝石

-过滤 (0)
用这个余弦滤波器过滤后打印高频波动
长度

-[没有]权力 （否）
拟合数据：bt^a

-[否] 亚视 （是）
在自相关之前减去平均值

-[没有]oneacf （否）
在所有集合上计算一个 ACF

-acflen （-1）
ACF的长度，默认为帧数的一半

-[无]标准化 （是）
标准化 ACF

-P (0)
ACF 的勒让德多项式的阶数（0 表示无）：0、1、2、3

-fitfn （无）
拟合函数：none、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9

-开始适应 (0)
相关函数的指数拟合开始时间

-末端 （-1）
结束相关函数指数拟合的时间，-1 是直到
结束

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