这是 gmx-clustsize 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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gmx-clustsize - 计算原子簇的大小分布
概要
gmx 集群大小 [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr>][-n [<.ndx>]]
[-o [<.xpm>][-流 [<.xpm>][-NC [<.xvg>]]
[-mc [<.xvg>][-交流 [<.xvg>][-hc [<.xvg>]]
[温度 [<.xvg>][-MCN [<.ndx>][-b [-e ]
[-dt [tu [-[现在[-xvg ]
[-切 [-[无]摩尔[-[不] PB[-nskip ]
[-n级别 [-ndf [-rgblo ]
[-rgbhi ]
商品描述
GMX 集群大小 计算气体中分子/原子团簇的尺寸分布
阶段。 输出以一个的形式给出 .xpm 文件。 集群总数为
写给一个 .xvg 文件中。
当。。。的时候 -摩尔 给定的选项是簇将由分子而不是原子组成，
这允许大分子的聚类。 在这种情况下，索引文件仍将
包含原子数，否则您的计算将因 SEGV 而死亡。
当轨迹中存在速度时，最大星团的温度
将单独打印 .xvg 文件假设粒子可以自由移动。 如果
您正在使用约束，请更正温度。 例如模拟水
使用 SHAKE 或 SETTLE 会产生 1.5 倍过低的温度。 你可以
用 -ndf 选项。 记得去除重心
动议。
这个 -mc 选项将生成一个包含最大原子数的索引文件
簇。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-s [<.tpr>] （白杨.tpr） （可选）
便携式 xdr 运行输入文件
-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件
指定输出文件的选项：
-o [<.xpm>] （csize.xpm）
X PixMap 兼容矩阵文件
-流 [<.xpm>] （csizew.xpm）
X PixMap 兼容矩阵文件
-NC [<.xvg>] (nclust.xvg)
xvgr/xmgr 文件
-mc [<.xvg>] (maxclust.xvg)
xvgr/xmgr 文件
-交流 [<.xvg>] (avclust.xvg)
xvgr/xmgr 文件
-hc [<.xvg>] (histo-clust.xvg)
xvgr/xmgr 文件
温度 [<.xvg>] （温度.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件
-MCN [<.ndx>] （最大簇.ndx） （可选）
索引文件
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
tu （PS）
时间值单位：fs、ps、ns、us、ms、s
-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无
-切 (0.35)
集群中要考虑的最大距离 (nm)
-[无]摩尔 （否）
簇分子而不是原子（需要 .tpr 文件）
-[不] PB （是）
使用周期性边界条件
-nskip (0)
在写入之间跳过的帧数
-n级别 (20)
灰度级数 .xpm 产量
-ndf （-1）
用于温度计算的整个系统的自由度数。 如果
未设置，则使用原子数乘以三。
-rgblo (1 1 0)
最低占用簇大小的颜色的 RGB 值
-rgbhi (0 0 1)
最高占用簇大小的颜色的 RGB 值
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-clustsize
