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gmx-current - 计算介电常数和电流自相关函数

概要

gmx 电流 [-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>][-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-o [<.xvg>][-咖啡馆 [<.xvg>][-DSP [<.xvg>]]
[-MD [<.xvg>][-mj [<.xvg>][-mc [<.xvg>][-b ]
[-e [-dt [-[现在[-xvg ]
[-sh [-[否]不跳转[-每股收益 [-bfit ]
[-效益 [-bvit [-退出 [-tr ]
[温度 ]

商品描述

GMX 当前 是计算当前自相关函数的工具，
系统的旋转和平移偶极矩的相关性，以及
产生的静态介电常数。 为了获得合理的结果，索引组具有
保持中立。 此外，该程序能够提取静电导率
从当前的自相关函数，如果速度给定。 此外，一个
Einstein-Helfand 拟合可用于获得静电导率。

旗 -咖啡馆 是用于当前自相关函数的输出和 -mc 写道
偶极矩的旋转和平移部分的相关性
对应的文件。 但是，此选项仅适用于包含以下内容的轨迹
速度。 选项 -sh 和 -tr 负责平均和积分
自相关函数。 由于平均是通过将起点移动通过
轨迹，移位可以修改 -sh 启用不相关的选择
起点。 到最后，统计不准确度增加并整合了
相关函数只产生可靠的值直到某一点，这取决于
帧数。 选项 -tr 控制考虑的积分区域
用于计算静态介电常数。

附加选项 温度 设置计算静态电介质所需的温度
不变。

附加选项 -每股收益 控制周围介质的介电常数以进行模拟
使用反应场或 Ewald 求和的偶极校正 (-每股收益=0 对应
锡箔边界条件）。

-[否]不跳转 展开坐标以允许自由扩散。 这是获得一个
爱因斯坦-赫尔芬德拟合所需的连续平移偶极矩。 结果
从拟合允许确定带电系统的介电常数
分子。 然而，也可以从介电常数中提取
折叠坐标中总偶极矩的波动。 但是这个选项必须是
小心使用，因为只有很短的时间跨度才能满足
分子的密度近似恒定并且平均值已经收敛。
为安全起见，介电常数的计算应借助
介电常数平移部分的爱因斯坦-赫尔芬德方法。

配置

指定输入文件的选项：

-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

指定输出文件的选项：

-o [<.xvg>] （当前.xvg）
xvgr/xmgr 文件

-咖啡馆 [<.xvg>] (caf.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-DSP [<.xvg>] （DSP.xvg）
xvgr/xmgr 文件

-MD [<.xvg>] (md.xvg)
xvgr/xmgr 文件

-mj [<.xvg>] (mj.xvg)
xvgr/xmgr 文件

-mc [<.xvg>] (mc.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-sh (1000)
用于平均相关函数和均方的帧的移位
移位。

-[否]不跳转 （是）
消除盒子上的原子跳跃。

-每股收益 (0)
周围介质的介电常数。 零值对应于
无穷大（锡箔边界条件）。

-bfit (100)
直线与平移分数的 MSD 拟合的开始
偶极矩。

-效益 (400)
直线与平移部分的 MSD 的拟合结束
偶极矩。

-bvit (0.5)
当前自相关函数与 a*t^b 的拟合开始。

-退出 (5)
当前自相关函数与 a*t^b 的拟合结束。

-tr (0.25)
考虑到积分的轨迹的分数。

温度 (300)
用于计算 epsilon 的温度。

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