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gmx-dipoles - 计算总偶极加波动

概要

gmx 偶极子 [-en [<.edr>][-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr>]]
[-n [<.ndx>][-o [<.xvg>][-每股收益 [<.xvg>][-a [<.xvg>]]
[-d [<.xvg>][-c [<.xvg>][-g [<.xvg>]]
[-己二酸 [<.xvg>][-dip3d [<.xvg>][-cos [<.xvg>]]
[-cmap [<.xpm>][-板 [<.xvg>][-b [-e ]
[-dt [-[现在[-xvg [-亩 ]
[-mumax [-εRF [-跳过 ]
[温度 [-修正 [-[没有]对[-[没有]四边形]
[-ncos [-轴 [-sl ]
[-gkratom [-gkratom2 [-rcmax ]
[-[无]phi[-n级别 [-n度 ]
[-acflen [-[无]标准化[-P ]
[-fitfn [-开始适应 [-末端 ]

商品描述

GMX 偶极子 计算模拟系统的总偶极子加波动。 由此
您可以计算例如低介电介质的介电常数。 对于具有
净电荷，在分子的质量中心减去净电荷。

该文件 mtot.xvg 包含框架的总偶极矩、分量以及
向量的范数。 文件 平均.xvg 包含 <|mu|^2> 和 | |^2 期间
模拟。 文件 dipdist.xvg 文件 包含偶极矩的分布
模拟的价值 -mumax 用作分布图中的最大值。

此外，偶极自相关函数将在选项时计算 -修正 is
用过的。 输出文件名由 -c 选项。 相关函数可以是
平均所有分子（摩尔)，分别绘制每个分子 (莫尔塞普) 或者它可以是
在模拟盒的总偶极矩上计算（总).

附加选项 -g 产生距离相关的 Kirkwood G 因子图，以及
作为距离函数的偶极子之间角度的平均余弦值。 剧情
根据 Nymand & Linse, J. Chem. 的说法，还包括 gOO 和 hOO。 物理112 (2000) 页
6386-6395。 在同一张图中，我们还包括通过采用
偶极子的内积除以到三次方的距离。

示例

GMX 偶极子 -修正 摩尔 -P 1 -o 倾角平方 -亩 2.273 -mumax 5.0

这将使用第一个计算分子偶极子的自相关函数
在时间 t 后对偶极子向量的角度及其本身的勒让德多项式进行排序。 为了
此计算将使用 1001 帧。 此外，介电常数为
使用一个计算 -εRF 无穷大（默认），温度 300 K（默认）和
分子的平均偶极矩为 2.273 (SPC)。 对于分布函数 a
最多使用 5.0。

配置

指定输入文件的选项：

-en [<.edr>] (能源.edr) （可选）
能源档案

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-s [<.tpr>] （白杨.tpr）
便携式 xdr 运行输入文件

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件

指定输出文件的选项：

-o [<.xvg>] （Mtot.xvg）
xvgr/xmgr 文件

-每股收益 [<.xvg>] (epsilon.xvg)
xvgr/xmgr 文件

-a [<.xvg>] （平均.xvg）
xvgr/xmgr 文件

-d [<.xvg>] (dipdist.xvg)
xvgr/xmgr 文件

-c [<.xvg>] （dipcorr.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-g [<.xvg>] (gkr.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-己二酸 [<.xvg>] (adip.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-dip3d [<.xvg>] (dip3d.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-cos [<.xvg>] （cosaver.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-cmap [<.xpm>] (cmap.xpm) （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件

-板 [<.xvg>] (板.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-亩 （-1）
单个分子的偶极子（在德拜）

-mumax (5)
德拜中的最大偶极子（用于直方图）

-εRF (0)
模拟过程中使用的反应场的 epsilon，电介质需要
不断的计算。 警告：0.0 表示无穷大（默认）

-跳过 (0)
跳过输出中的步骤（但不在计算中）

温度 (300)
模拟的平均温度（介电常数计算需要）

-修正 （无）
要计算的相关函数：none、mol、molsep、total

-[没有]对 （是）
计算 |cos(theta)| 在所有分子对之间。 可能会很慢

-[没有]四边形 （否）
考虑四极杆

-ncos (1)
必须是 1 或 2。确定在所有之间计算
一组中的分子，或两个不同组中的分子之间。 这开启
此 -g 旗。

-轴 （Z）
取 X、Y 或 Z 方向计算框上的法线。

-sl (10)
将盒子分成这个数量的切片。

-gkratom (0)
使用分子的第 n 个原子（从 1 开始）计算之间的距离
在计算距离时是分子而不是电荷中心（当为 0 时）
依赖柯克伍德因素

-gkratom2 (0)
在 ncos = 2 的情况下与之前的选项相同，即两个之间的偶极子相互作用
分子群

-rcmax (0)
在偶极子方向分布中使用的最大距离（ncos == 2）。 如果
零，将使用基于框长度的标准。

-[无]phi （否）
绘制定义为两个偶极子向量绕其旋转的“扭转角”
两个分子之间的距离向量 .xpm 来自的文件 -cmap
选项。 默认情况下，绘制偶极子之间角度的余弦。

-n级别 (20)
cmap 输出中的颜色数

-n度 (90)
分区数 y-cmap 输出中的轴（180 度）

-acflen （-1）
ACF的长度，默认为帧数的一半

-[无]标准化 （是）
标准化 ACF

-P (0)
ACF 的勒让德多项式的阶数（0 表示无）：0、1、2、3

-fitfn （无）
拟合函数：none、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9

-开始适应 (0)
相关函数的指数拟合开始时间

-末端 （-1）
结束相关函数指数拟合的时间，-1 是直到
结束

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