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gmx-dyecoupl - 从轨迹中提取染料动力学

概要

gmx 染料偶联剂 [-f [<.xtc/.trr/...>][-n [<.ndx>][-ot [<.xvg>]]
[-oe [<.xvg>][-o [<.dat>][-rhist [<.xvg>]]
[-赫斯特 [<.xvg>][-b [-e [tu ]
[-[现在[-xvg [-[没有]pbcdist[-[无]规范]
[-垃圾箱 [R0 ]

商品描述

GMX 染料偶联剂 从轨迹文件中提取染料动力学。 目前，R 和 kappa^2
提取染料之间的 (F)RET 模拟，假设偶极耦合，如
福斯特方程。 它还允许计算 R(t) 和 kappa^2(t)，R 和
kappa^2 直方图和平均值，以及瞬时 FRET 效率 E(t)
指定的福斯特半径 R_0（开关 R0）。 输入染料必须是完整的（参见 res 和
mol pbc 选项 转转）。 染料跃迁偶极矩必须定义为
至少一个原子对，但是索引文件中可以提供多个原子对。
距离 R 是根据给定原子对的 COM 计算的。 这
-pbcdist 选项计算到最近的周期性图像的距离而不是距离
箱子里头。 然而，这仅适用于所有 3 个维度的周期性边界。 这
-规范 选项 (area-) 标准化直方图。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-n [<.ndx>] （索引.ndx）
索引文件

指定输出文件的选项：

-ot [<.xvg>] (rkappa.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-oe [<.xvg>] (insteff.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-o [<.dat>] （卡帕.dat） （可选）
通用数据文件

-rhist [<.xvg>] (rhist.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-赫斯特 [<.xvg>] (khist.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

tu （PS）
时间值单位：fs、ps、ns、us、ms、s

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-[没有]pbcdist （否）
基于 PBC 的距离 R

-[无]规范 （否）
标准化直方图

-垃圾箱 (50)
# 直方图箱

R0 （-1）
福斯特半径包括 kappa^2=2/3，以 nm 为单位

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