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gmx-genion - 在能量有利的位置生成单原子离子

概要

gmx 基因 [-s [<.tpr>][-n [<.ndx>][-p [<.top>]]
[-o [<.gro/.g96/...>][-例如 [-pname ]
[-pq [-nn [-n名称 [-nq ]
[-rmin [-种子 [-浓 [-[无]中性]

商品描述

GMX 基因 用单原子离子随机替换溶剂分子。 溶剂组
分子应该是连续的，所有分子都应该有相同数量的原子。
用户应将离子分子添加到拓扑文件中或使用 -p 选项
自动修改拓扑。

所有力场中的离子分子类型、残基和原子名称均大写
没有符号的元素名称。 该分子名称应与 -pname or -n名称及
这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 [分子] 您的拓扑部分相应地更新，无论是手动还是使用 -p.
不要使用原子名称代替！

可以具有多个电荷态的离子得到多重性相加，无符号，对于
只有不常见的状态。

对于较大的离子，例如硫酸盐，我们建议使用 GMX 插入分子.

配置

指定输入文件的选项：

-s [<.tpr>] （白杨.tpr）
便携式 xdr 运行输入文件

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件

指定输入/输出文件的选项：

-p [<.top>] (白杨.顶部) （可选）
拓扑文件

指定输出文件的选项：

-o [<.gro/.g96/...>] （out.gro）
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是

其他选项：

-例如 (0)
正离子数

-pname （不适用）
正离子名称

-pq (1)
正离子的电荷

-nn (0)
负离子数

-n名称 （CL）
负离子名称

-nq （-1）
负离子电荷

-rmin (0.6)
离子之间的最小距离

-种子 (1993)
随机数生成器的种子

-浓 (0)
指定盐浓度（摩尔/升）。 这将添加足够的离子以达到
到指定的浓度，由输入中的单元格体积计算得出
.tpr 文件。 覆盖 -例如 和 -nn 选项​​。

-[无]中性 （否）
此选项将添加足够的离子来中和系统。 这些离子被添加到
指定的顶部 -例如/-nn or -浓.

知 问题

· 如果指定盐浓度，则不考虑现有离子。 有效
因此，您可以指定要添加的盐量。

使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-genion