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gmx-mdrun - 执行模拟，进行正常模式分析或能量最小化

概要

gmx mdrun [-s [<.tpr>][-消费物价指数 [<.cpt>][-表 [<.xvg>]]
[-平板电脑 [<.xvg>][-表p [<.xvg>][-tableb [<.xvg>]]
[-重新运行 [<.xtc/.trr/...>][-ei [<.edi>]]
[-多目录 [ [...][-会员 [<.dat>][-mp [<.top>]]
[-mn [<.ndx>][-o [<.trr/.cpt/...>][-x [<.xtc/.tng>]]
[-cpo [<.cpt>][-c [<.gro/.g96/...>][-e [<.edr>]]
[-g [<.log>][-dhdl [<.xvg>][-领域 [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>][-tpid [<.xvg>][-eo [<.xvg>]]
[-虔诚的 [<.xvg>][-runav [<.xvg>][-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>][-ro [<.xvg>][-ra [<.log>][-rs [<.log>]]
[-rt [<.log>][-mtx [<.mtx>][-dn [<.ndx>]]
[-如果 [<.xvg>][-交换 [<.xvg>][-定义 ]
[-xvg [-dd [-订单 ]
[-npme [-nt [-ntmpi [-ntomp ]
[-ntomp_pme [针 [-引脚偏移 ]
[-脚跨步 [-gpu_id [-[否]ddcheck]
[-rdd [-rcon [-dlb [-dds ]
[-gcom [-nb [-列表 [-[没有]tunepme]
[-[没有]v[-[没有]紧凑[-pforce [-[没有]再现]
[-cpt [-[否]cpnum[-[无]附加[-步骤 ]
[-最大 [-多 [-replex [-下一个 ]
[-补种 ]

商品描述

GMX 运行 是 GROMACS 中的主要计算化学引擎。 显然，它
执行分子动力学模拟，但它也可以执行随机动力学，
能量最小化、测试粒子插入或（重新）计算能量。 正常模式
分析是另一种选择。 在这种情况下 运行 从单个构建 Hessian 矩阵
构象。 对于通常的类似普通模式的计算，请确保结构
提供适当的能量最小化。 生成的矩阵可以被对角化为 GMX
纳米格.

- 运行 程序读取运行输入文件（-s) 并将拓扑分布在秩上，如果
需要。 运行 产生至少四个输出文件。 单个日志文件 (-g) 写。
轨迹文件（-o)，包含坐标、速度和可选的力。 这
结构文件（-c) 包含最后一步的坐标和速度。 能量
文件（-e) 包含能量、温度、压力等，很多这些东西都是
也打印在日志文件中。 可选的坐标可以写入压缩
轨迹文件（-x).

选项 -dhdl 仅在打开自由能计算时使用。

并行高效地运行 mdrun 是一个复杂的话题，其中的许多方面都是
在线用户指南中介绍。 您应该在那里寻找有关使用许多实用程序的实用建议
mdrun 中可用的选项。

ED（基本动态）采样和/或额外的洪水潜力由
使用 -ei 标志后跟 .edi 文件。 的 .edi 文件可以用
制作_edi 工具或使用 WHAT IF 程序的 essdyn 菜单中的选项。 运行
生产一个 .xvg 包含位置、速度和力的投影的输出文件
到选定的特征向量上。

当在 .mdp 归档 -表
选项用于传递 运行 具有潜在功能的格式化表格。 文件被读取
从当前目录或从 GMX库 目录。 一些预先格式化的
表格显示在 GMX库 dir，用于 6-8、6-9、6-10、6-11、6-12 Lennard-Jones
具有正常库仑的电位。 当存在配对相互作用时，单独的表
使用配对交互函数读取 -表p 选项。

当拓扑中存在表格绑定函数时，交互函数为
阅读使用 -tableb 选项。 对于每个不同的列表交互类型，表格
文件名以不同的方式修改：在文件扩展名之前，下划线是
附加，然后是键的“b”，角的“a”或二面角的“d”，最后是
交互类型的表号。

选项 -px 和 -pf 用于写拉COM坐标和拉力
在中选择 .mdp 文件中。

最后，当适当的选项被选中时，可以测试一些实验算法
给。 目前正在调查的有：极化率。

选项 -会员 做以前是 g_membed 的事情，即将蛋白质嵌入到膜中。
此模块需要在数据文件中提供的许多设置，这些设置是
此选项的参数。 有关膜嵌入的更多详细信息，请参阅
用户指南。 选项 -mn 和 -mp 用于提供索引和拓扑文件
用于嵌入。

选项 -pforce 当您怀疑模拟因太大而崩溃时很有用
势力。 使用此选项坐标和力大于 a 的原子的力
某些值将打印到 stderr。

定期写入包含系统完整状态的检查点
（选项 -cpt) 到文件 -cpo, 除非选项 -cpt 设置为 -1。 上一个检查站
备份到 状态_prev.cpt 确保系统的最新状态始终是
可用，即使模拟在写入检查点时终止。 和 -cpnum
保留所有检查点文件并附加步骤编号。 一个模拟可以
继续从带有选项的文件中读取完整状态 -消费物价指数. 这个选项很智能
如果没有找到检查点文件，GROMACS 只会假设正常运行并且
从第一步开始 .tpr 文件。 默认情况下，输出将附加到
现有的输出文件。 检查点文件包含所有输出文件的校验和，
这样当某些输出文件被修改、损坏或
移除。 共有三种场景 -消费物价指数:

* 不存在具有匹配名称的文件：写入新的输出文件

* 所有文件的名称和校验和都与存储在检查点中的文件相匹配
文件：附加文件

* 否则不会修改任何文件并生成致命错误

通过 -不附加 新的输出文件被打开，模拟零件号被添加到所有
输出文件名。 请注意，在所有情况下，检查点文件本身都不会重命名，并且
将被覆盖，除非其名称与 -cpo 选项。

使用检查点将输出附加到先前写入的输出文件中，除非
-不附加 被使用或之前的输出文件都不存在（除了
检查点文件）。 使用校验和验证要附加的文件的完整性
它们存储在检查点文件中。 这可确保输出不会混淆或
由于文件附加而损坏。 当只有一些先前的输出文件存在时，
生成致命错误，没有修改旧的输出文件，也没有新的输出文件
被打开。 附加的结果将与单次运行的结果相同。 这
内容将是二进制相同的，除非您使用不同数量的等级或动态
负载平衡或 FFT 库通过计时使用优化。

使用选项 -最大 模拟终止并首先写入检查点文件
运行时间超过的邻居搜索步骤 -最大*0.99 小时。 这个选项是
结合设置特别有用 步数 在 mdp 中或使用 -1
类似命名的命令行选项。 这导致无限运行，仅终止
当时间限制由 -最大 到达（如果有）或在收到信号时。

在规划婴儿食品行业的工艺要求时，安全性和可靠性是工艺设计中最重要的方面。 运行 接收到 TERM 信号，它会将 nsteps 设置为当前步长加一。 什么时候
运行 收到一个 INT 信号（例如当按下 ctrl+C 时），它将在下一个之后停止
邻居搜索步骤（下一步 nstlist=0）。 在这两种情况下，所有通常的
输出将写入文件。 当与 MPI 一起运行时，向其中之一发送信号 运行 行列
就足够了，不应将此信号发送到 mpirun 或 运行 过程是
其他人的父母。

交互式分子动力学 (IMD) 可以通过使用以下三种方法中的至少一种来激活
IMD 开关： -中期 开关允许一个人终止模拟
分子查看器（例如 VMD）。 和 -imd等待, 运行 每当没有 IMD 客户端时暂停
连接的。 从 IMD 遥控器拉出可以通过以下方式打开 -imdpull. 港口 运行
听可以改变 -进口.指向的文件 -如果 包含原子索引和
如果使用 IMD 牵引力。

在规划婴儿食品行业的工艺要求时，安全性和可靠性是工艺设计中最重要的方面。 运行 使用 MPI 启动，默认情况下它不会运行 niced。

配置

指定输入文件的选项：

-s [<.tpr>] （白杨.tpr）
便携式 xdr 运行输入文件

-消费物价指数 [<.cpt>] （状态.cpt） （可选）
检查点文件

-表 [<.xvg>] （表.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-平板电脑 [<.xvg>] (平板电脑.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-表p [<.xvg>] （表p.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-tableb [<.xvg>] （表.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-重新运行 [<.xtc/.trr/...>] （重新运行.xtc） （可选）
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-ei [<.edi>] （萨姆.edi） （可选）
ED采样输入

-多目录 [ [...] （运行目录） （可选）
运行目录

-会员 [<.dat>] （成员.dat） （可选）
通用数据文件

-mp [<.top>] (成员.top) （可选）
拓扑文件

-mn [<.ndx>] （成员.ndx） （可选）
索引文件

指定输出文件的选项：

-o [<.trr/.cpt/...>] （轨迹.trr）
全精度轨迹： TRR CPT TNG

-x [<.xtc/.tng>] （traj_comp.xtc） （可选）
压缩轨迹（tng 格式或便携式 xdr 格式）

-cpo [<.cpt>] （状态.cpt） （可选）
检查点文件

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是

-e [<.edr>] (能源.edr)
能源档案

-g [<.log>] （MD.日志）
日志文件

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-领域 [<.xvg>] （字段.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-虔诚的 [<.xvg>] （偏差.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-runav [<.xvg>] (runaver.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-pf [<.xvg>] (拉.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-ro [<.xvg>] （旋转.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-ra [<.log>] （rotangles.log） （可选）
日志文件

-rs [<.log>] （rotslabs.log） （可选）
日志文件

-rt [<.log>] （旋转扭矩.log） （可选）
日志文件

-mtx [<.mtx>] (纳米.mtx) （可选）
黑森矩阵

-dn [<.ndx>] （偶极子.ndx） （可选）
索引文件

-如果 [<.xvg>] (imdforces.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-交换 [<.xvg>] （交换.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

其他选项：

-定义
为所有文件选项设置默认文件名

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-dd (0 0 0)
域分解网格，0为优化

-订单 （交错）
DD 排列顺序：交错、pp_pme、笛卡尔

-npme （-1）
用于 PME 的单独等级数，-1 是猜测

-nt (0)
要启动的线程总数（0 是猜测）

-ntmpi (0)
要启动的线程 MPI 线程数（0 是猜测）

-ntomp (0)
每个 MPI 等级开始的 OpenMP 线程数（0 是猜测）

-ntomp_pme (0)
要启动的每个 MPI 等级的 OpenMP 线程数（0 是 -ntomp）

针 （汽车）
mdrun 是否应该尝试设置线程关联性：auto、on、off

-引脚偏移 (0)
mdrun 应将第一个线程固定到的最低逻辑核心数

-脚跨步 (0)
线程的逻辑核心中的钉扎距离，使用 0 来最小化线程的数量
每个物理核心的线程数

-gpu_id
要使用的 GPU 设备 ID 列表，指定每个节点的 PP 等级到 GPU 映射

-[否]ddcheck （是）
检查与 DD 的所有绑定交互

-rdd (0)
与 DD (nm), 0 键合相互作用的最大距离由
初始坐标

-rcon (0)
P-LINCS 的最大距离 (nm)，0 是估计值

-dlb （汽车）
动态负载平衡（使用 DD）：自动、否、是

-dds (0.8)
(0,1) 中的分数，其倒数初始 DD 单元大小将在
为了提供一个余量，动态负载平衡可以在保留的同时起作用
最小单元格大小。

-gcom （-1）
全球通讯频率

-nb （汽车）
计算非绑定相互作用：auto、cpu、gpu、gpu_cpu

-列表 (0)
使用 Verlet 缓冲区容差时设置 nstlist（0 是猜测）

-[没有]tunepme （是）
优化 PP/PME 等级或 GPU/CPU 之间的 PME 负载

-[没有]v （否）
大声喧哗

-[没有]紧凑 （是）
写一个紧凑的日志文件

-pforce （-1）
打印所有大于此的力 (kJ/mol nm)

-[没有]再现 （否）
尽量避免影响二进制重现性的优化

-cpt (15)
检查点间隔（分钟）

-[否]cpnum （否）
保留和编号检查点文件

-[无]附加 （是）
从检查点继续而不是添加时附加到以前的输出文件
模拟零件号到所有文件名

-步骤 （-2）
运行此数量的步骤，覆盖 .mdp 文件选项（-1 表示无限，-2 表示
使用 mdp 选项，较小的无效）

-最大 （-1）
本次（小时）0.99次后终止

-多 (0)
并行执行多个模拟

-replex (0)
在此期间定期尝试副本交换（步骤）

-下一个 (0)
每次交换间隔进行随机交换的次数（N^3为一
建议）。 -nex 零或未指定给出邻居副本交换。

-补种 （-1）
用于副本交换的种子，-1 是生成种子

使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-mdrun